A-, В- и Z- формы ДНК. Структура РНК
Задание 1
С помощью программы fiber пакета 3DNA были построены модели A- и B- форм ДНК последовательности 'gatc', повторенной 5 раз, и Z-формы ДНК последовательности 'gc', повторенной 10 раз.
Задание 2
Анализ распределения атомов аденина по большой и малой борозке спирали ДНК
Для анализа был выбран аденин в 30 положении B-цепи B-формы ДНК.
Большая бороздка: a30.c5, a30.c6, a30.n6, a30.cn7, a30.c8
Малая бороздка: a30.c2, a30.n3
Анализ свойств структур, полученных в задании 1
| A-форма | B-форма | Z-форма | |
|---|---|---|---|
| Тип спирали | правая | правая | левая |
| Шаг спирали (Å) | 28.03 | 33.75 | 43.5 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки (Å) | 16.81 (16:A.P-27:B.P) | 17.21 (7:A.P-31:B.P) | 14.73 (12:A.P- 30:B.P) |
| Ширина малой бороздки (Å) | 7.98 nm (8:A.P- 27:B.P ) | 11.69 (14:A.P -31:B.P) | 7.2 (13:A.P-31:B.P) |
Задание 3.
Анализ торсионных углов
Значения торсионных углов нуклеотидов в структуре 2cv0.pdb доступны по ссылке.
Из таблицы видно, что исследуемая РНК больше похожа на А-форму ДНК.
Анализ вторичной структуры и водородных связей тРНК
Информация о водородных связях в тРНК структуры 2cv0.pdb, полученная с помощью программы analyze, доступнв по ссылке
Несмотря на то,сто в pdb-файле предствавлены 2 копии структуры, с помощью программы analyze для цепей C и D ,были получены несколько отличающиеся результаты.
| Пара нуклеотидов | Связи | ||
|---|---|---|---|
| >C508U-**--A546C< | O3'- O2' | O2'- N3 | O2 * N1 |
| >C514A-**--A521C< | N6 - N3 | N1 - O2' | |
| >D514A-**--U508D< | OP2* O4 | N7 - N3 | N6 - O2 |
Можно видеть что предсказанная программой связь >C508U-**--A546C< O2 * N1 не может существовать, так как оба атома являются акцепторами. Действительно же существуют связи 514A-**--A521 и 514A-**--U508 в обоих цепях
Так как обе цепи идентичны далее будет приводиться информация лишь для цепи С.
В структуре можно выделить 4 стебля с координатами:
- 501-507...566-572
- 510-514...521-525
- 526-532...538-544
- 549-553...561-565
В исследуемой структуре можно выделить 9 неканонических пар оснований
Пара нуклеотидов Связи 502 G-*---U571 O6 - N3 N1 - O2 554 U-**--A558 O2 - N6 N3 - N7 555 U-**+-G518 O2 - N2 538 A-**--C532 N6 - O2 544 A-**--G526 N6 - O6 N1 - N1 513 U-*---G522 O2 - N1 N3 - O6 514 A-**--U508 OP2* O4 N7 - N3 N6 - O2 515 G-**+-C548 N1 - O2 N2 - N3 514A-**--A521 N6 - N3 N1 - O2'
В исследуемой структуре можно выделить 5 пар оснований, не связанных со стеблями.