Работа с нуклеотидными базами данных

Сборка генома Clitopilus hobsonii

грибочек

Рис. 1. Clitopilus hobsonii (Клитопилюс Хобсона). Фотография https://www.mushroomexpert.com/clitopilus_hobsonii.html

Clitopilus hobsonii - базидиальный гриб семейства Entolomataceae, растущий на различных двесных субстратах в лесах.[1]

Табл. 1. Информация о выбранной сборке генома Clitopilus hobsonii
Общее количество сборок генома 1
Выбранная сборка ASM1570844v2
AC (GenBank) GCA_015708445.2
Assembly level Complete Genome
Общая длина(Mb) 36.9263
Число контигов 13
Число скэффолдов 13
N50 3,299,406
L50 6
Pubmed 33522840
Последовательность хромосомы 1 CHR1.fasta

CDS представителя Lipothrixviridae

Запрос: 40000:50000[SLEN] AND Lipothrixviridae[ORGANISM] AND COMPLETE GENOME

Количество находок в RefSeq: 3.

Количество находок в GeneBank: 1.

Табл. 2. Информация о полном геноме Sulfolobus islandicus filamentous virus Clitopilus hobsonii
AC NC_003214
Организм Sulfolobus islandicus filamentous virus
NCBI:txid 176106
Тип генома linear dsDNA
Хозяин Sulfolobus islandicus
CDS CDS.fasta

Чтобы получить файл перешел на страницу с данными о геноме, нажал "send to file", затем выбрал "coding sequences" и нажал "create file".

Ключи локальных особенностей

Табл. 3. Ключи, используемые в таблицах особенностей.[2]
Ключ Описание Пример
sig_peptide Кодирующая последовательность сигнального пептида; кодирующая последовательность для N-концевого домена секретируемого белка; этот домен участвует в присоединении зарождающегося полипептида к лидерной последовательности мембраны 239..310
/gene="INS"
/gene_synonym="IDDM; IDDM1; IDDM2; ILPR; IRDN; MODY10;
PNDM4"
proprotein Кодирующая последовательность пропептида; кодирующая последовательность домена белка-предшетвенника, которуй после разрезания образует зрелый белковый продукт 311..568
/gene="INS"
/gene_synonym="IDDM; IDDM1; IDDM2; ILPR; IRDN; MODY10;
PNDM4"
/product="proinsulin"
polyA_site Участок РНК транскрипта, к которому присоеденяться остатки аденина путем пост-транскрипционной полиаденилирования 644
/gene="INS"
/gene_synonym="IDDM; IDDM1; IDDM2; ILPR; IRDN; MODY10;
PNDM4"
/note="major polyA site"
ncRNA Не белок кодирующий ген, не являющийся рРНК и тРНк, чей функциональный продукт является РНК транскриптом. complement(join(7205..7439,7827..7918,8276..8382, 9767..9884))
/ncRNA_class="lncRNA"
/gene="COL18A1-AS2"
/product="COL18A1 antisense RNA 2"
/transcript_id="NR_052004.1"
/db_xref="GeneID:100874236"
/db_xref="HGNC:HGNC:40155"
regulatory Любой участок последовательности, который функционирует в регуляции транскрипции, трансляции, репликации или редактировании структуры хроматина. 3358..3363
/regulatory_class="polyA_signal_sequence"
/gene="PFKM"
/gene_synonym="ATP-PFK; GSD7; PFK-1; PFK-A; PFK1; PFKA;
PFKX; PPP1R122"
/note="hexamer: AATAAA"

Источники

  1. Kosheleva (Volkova), Alena. (2010). Новый для России вид макромицета - Clitopilus hobsonii (Berk. et Broome) P.D. Orton. 26. 98-100.
  2. https://www.insdc.org/documents/feature-table#3.2