Выравнивание геномов
Выбор бактерии
Для рассмотрения были выбраны 3 штамма Gimesia chilikensis: HG66A1, MaMl14, V6. Для загрузки и дальнейшего анализа геномов был подготовлен единственный входной файл genomes.tsv.
Построение нуклеотидного пангенома с помощью NPG-explorer
Для построения НПГ воспользовались следующими командами:
npge Prepare &> log_prepare - созданы и переименованы геномные последовательности (log_prepare)
npge Examine &> log_examine - вычисление оценки сходства геномов (log_examine) и коррекция параметра MIN_IDENTITY по рекомендации npge Examine (0,899)
npge MakePangenome &> log_make - построение НПГ (log_make)
npge PostProcessing &> log_post - получение файлов с описанием пангенома (log_post)
Описание стабильного ядра нуклеотидного пангенома
Информацию о стабильном ядре можно найти в файле pangenome.info. Нуклеотидный пангеном включает в себя 1405 стабильный блок (s-blocks), размер же нуклеотидного ядра (процент нуклеотидов в ядре от числа нуклеотидов во всех геномах) составляет 80.39%. Процент консервативных колонок в объединённом выравнивании s-блоков составляет 94,51%.
Описание самой крупной делеции в каждом геноме
Для того, чтобы найти крупнейшие делеции в каждом геноме, были найденны наибольшие h-блоки, которые не встречаются в соответствующем геноме. Для этого был произведен поиск в файле pangenome.bi, открытом в программе LibreOffice Calc. Гены определялись с помощью интерфейса qnpge.
| Штамм | Блок, подтверждающий делецию | Длина делеции | Выпавшие генов |
|---|---|---|---|
| HG66A1 | h2x13412 | 13412 | Doubled CXXCH motif, Adenylate cyclase 2, Iron-sulfur protein, PP2C-family Ser/Thr phosphatase |
| MalM14 | h2x5779 | 5779 | Matrixin |
| V6 | h2x17505 | 17505 | N,N'-diacetylchitobiose phosphorylase, SigmaW regulon antibacterial, Bestrophin, RFP-TM, chloride channel, CBS domain protein, Spermidine synthase |
Описание перестановки синтений
Путем изучения графической информации, представленной в gnpge, был найден блок g3x158, претерпевший перестановку, в геноме штамма MaMl14