Составление списка гомологичных белков, включающих паралоги

Табл. 1. Отобранные бактерии
Sequence Score e-value
sp|Q820F8|CLPX_STRAW ATP-dependent Clp protease ATP-binding sub... 535 0
sp|P9WPB9|CLPX_MYCTU ATP-dependent Clp protease ATP-binding sub... 519 0
sp|Q9CBY6|CLPX_MYCLE ATP-dependent Clp protease ATP-binding sub... 519 0
sp|Q8FN57|CLPX_COREF ATP-dependent Clp protease ATP-binding sub... 518 0
sp|Q6NFU7|CLPX_CORDI ATP-dependent Clp protease ATP-binding sub... 518 0
sp|A0JXL2|CLPX_ARTS2 ATP-dependent Clp protease ATP-binding sub... 516 0
sp|B0RAS4|CLPX_CLAMS ATP-dependent Clp protease ATP-binding sub... 491 1E-173
tr|A0K1M3|A0K1M3_ARTS2 ATPase AAA-2 domain protein OS=Arthrobac... 54.3 5E-08
tr|Q8FMH5|Q8FMH5_COREF Putative endopeptidase Clp ATP-binding c... 47 1E-05
tr|Q6NFB1|Q6NFB1_CORDI ATP-dependent Clp protease ATP-binding s... 45.8 3E-05
sp|A0JXB1|RUVB_ARTS2 Holliday junction ATP-dependent DNA helica... 42.4 0.0003
tr|Q82QV8|Q82QV8_STRAW Putative AAA family ATPase OS=Streptomyc... 41.6 0.0003
tr|A0JR82|A0JR82_ARTS2 ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH ... 41.6 0.0005
tr|A0K236|A0K236_ARTS2 AAA ATPase, central domain protein OS=Ar... 41.6 0.0005
tr|Q82EE9|Q82EE9_STRAW ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH ... 41.6 0.0005
tr|Q82EB8|Q82EB8_STRAW Putative ATP-dependent Clp protease OS=S... 41.6 0.0007
sp|P9WQN3|FTSH_MYCTU ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH OS... 41.2 0.0007
tr|B0RHW4|B0RHW4_CLAMS ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH ... 41.2 0.0007
tr|Q6NF92|Q6NF92_CORDI ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH ... 40.8 0.001

Реконструкция и визуализация

Реконструкция филогении была произведена с помощью программы MEGA с алгоритмом Maximal Likehood. Было получено следующее дерево(tree.nwk), визуализация которого представлена ниже.

ДНК

Рис. 1. Полная реконструкция.

ДНК

Рис. 2. Реконструкция с объединенными ортологичными группами. Можно выделить две большие группы ортологов - АТФ-связывающие субъединицы Clp протеаз (ClpX) и АТФ-зависимые цинковые металлопротеазы (FtsH). Для первой группы можно отметить, что в неё вошли белки всех рассматриваемых организмов, но филогения белков не в точности соответствует филогении бактерий. Во второй группе присутствуют только 6 из 8 организмов( отсутствуют MYCLE и COREF), но филогения сохраняется.

Из найденных белков паралогами являются, к примеру, CLPX_MUCTU и FTSH_MUCTU, A0JR82_ARTS2 и A0K236_ARTS2, CLPX_CLAMS и B0RHW4_CLAMS.

Ортологами являются CLPX_COREF и CLPX_CORDI, A0JR82_ARTS2 и FTSH_MUCTU, Q6NF92_CORDI и B0RHW4_CLAMS.