Оптимальному пути (выделен желтым цветом) соответствует выравнивание:
M F G K -
L F G S T
Вес выравнивания равен нулю (2*2+2*(-1)+(-2)=0).
Оптимальное локальное выравнивание (вес 6):
L D A
L D A
Субоптимальное локальное выравнивание (вес 4):
F G K L
F G - L
Матрица: EBLOSUM62 Штраф за открытие делеции: 1.0 Штраф за продолжение делеции: 1.0
Длина выравнивания: 666
|
CYOB_ECOLI 1 MFGKLSLDAVPFHEPIVMVTIAGIILGGLALVGLITYFGKWTYLWKEWLT 50 seq 1 0 CYOB_ECOLI 51 SVDHKRLGIMYIIVAIVMLLRGFADAIMMRSQQALASAGEAGFLPPHHYD 100 seq 1 0 CYOB_ECOLI 101 QIFTAHGVIMIFFVAMPFVIGLMNLVVPLQIGARDVAFPFLNNLSFWFTV 150 seq 1 0 CYOB_ECOLI 151 VGVILVNVSLGVGEFAQTGWLAYPPLSGIEYSPGVGVDYWIWSLQLSGIG 200 .|.| :| seq 1 GLAL--VG 6 CYOB_ECOLI 201 TTL-T--GINFFVTILKMRAPGMTMFKMPVFTWASLCANVLIIASFPILT 247 | | | |||||||||||| seq 7 --LITYFG-NFFVTILKMRAP 24 CYOB_ECOLI 248 VTVALLTLDRYLGTHFFTNDMGGNMMMYINLIWAWGHPEVYILILPVFGV 297 seq 25 24 CYOB_ECOLI 298 FSEIAATFSRKRLFGYTSLVWATVCITVLSFIVWLHHFFTMGAGANVNAF 347 seq 25 24 CYOB_ECOLI 348 FGITTMIIAIPTGVKIFNWLFTMYQGRIVFHSAMLWTIGFIVTFSVGGMT 397 seq 25 24 CYOB_ECOLI 398 GVLLAVPGADFVLHNSLFLIAHFHNVIIGGVVFGCFAGMTYWWPKAFGFK 447 seq 25 24 CYOB_ECOLI 448 LNETWGKRAFWFWIIGFFVAFMPLYALGFMGMTRRLSQQIDPQFHTMLMI 497 seq 25 24 CYOB_ECOLI 498 AASGAVLIALGILCLVIQMYVSIRDRDQNRDLTGDPWGGRTLEWATSSPP 547 seq 25 24 CYOB_ECOLI 548 PFYNFAVVPHVHERDAFWEMKEKGEAYKKPDHYEEIHMPKNSGAGIVIAA 597 seq 25 24 CYOB_ECOLI 598 FSTIFGFAMIWHIWWLAIVGFAGMIITWIVKSFDEDVDYYVPVAEIEKLE 647 seq 25 24 CYOB_ECOLI 648 NQHFDEITKAGLKNGN 663 seq 25 24 |
Матрица: EBLOSUM62 Штраф за открытие делеции: 10.0 Штраф за продолжение делеции: 1.0
Длина выравнивания: 668
|
CYOB_ECOLI 1 MFGKLSLDAVPFHEPIVMVTIAGIILGGLALVGLITYFGKWTYLWKEWLT 50 seq 1 0 CYOB_ECOLI 51 SVDHKRLGIMYIIVAIVMLLRGFADAIMMRSQQALASAGEAGFLPPHHYD 100 seq 1 0 CYOB_ECOLI 101 QIFTAHGVIMIFFVAMPFVIGLMNLVVPLQIGARDVAFPFLNNLSFWFTV 150 seq 1 0 CYOB_ECOLI 151 VGVILVNVSLGVGEFAQTGWLAYPPLSGIEYSPGVGVDYWIWSLQLSGIG 200 | seq 1 G 1 CYOB_ECOLI 201 TTLTGI-----NFFVTILKMRAPGMTMFKMPVFTWASLCANVLIIASFPI 245 ..|.|: |||||||||||| seq 2 LALVGLITYFGNFFVTILKMRAP 24 CYOB_ECOLI 246 LTVTVALLTLDRYLGTHFFTNDMGGNMMMYINLIWAWGHPEVYILILPVF 295 seq 25 24 CYOB_ECOLI 296 GVFSEIAATFSRKRLFGYTSLVWATVCITVLSFIVWLHHFFTMGAGANVN 345 seq 25 24 CYOB_ECOLI 346 AFFGITTMIIAIPTGVKIFNWLFTMYQGRIVFHSAMLWTIGFIVTFSVGG 395 seq 25 24 CYOB_ECOLI 396 MTGVLLAVPGADFVLHNSLFLIAHFHNVIIGGVVFGCFAGMTYWWPKAFG 445 seq 25 24 CYOB_ECOLI 446 FKLNETWGKRAFWFWIIGFFVAFMPLYALGFMGMTRRLSQQIDPQFHTML 495 seq 25 24 CYOB_ECOLI 496 MIAASGAVLIALGILCLVIQMYVSIRDRDQNRDLTGDPWGGRTLEWATSS 545 seq 25 24 CYOB_ECOLI 546 PPPFYNFAVVPHVHERDAFWEMKEKGEAYKKPDHYEEIHMPKNSGAGIVI 595 seq 25 24 CYOB_ECOLI 596 AAFSTIFGFAMIWHIWWLAIVGFAGMIITWIVKSFDEDVDYYVPVAEIEK 645 seq 25 24 CYOB_ECOLI 646 LENQHFDEITKAGLKNGN 663 seq 25 24 |
Теорема 2. Наиболее биологически осмысленным является выравнивание с большим (в разумных количествах) значением
штрафа за отрытие делеции при постоянном малом штрафе за продолжение делеции.
Доказательство:
Вероятность появления длинной и непрерывной последовательности из делеций (вставки, смотри
теорему 1) значительно больше, чем вероятность множества коротких замен. Далее обоснование
смотри в основной теореме биологии, где более вероятным считается результат с меньшим
количеством эволюционных событий.