Четвёртый семестр

Описание термина Gene Ontology

На главном сайте GO проведём поиск термина "электронный транспорт" среди терминов GO.

Термин по-русски электронный транспорт
Термин по-английски electron transport
Идентификатор GO GO:0006118
Количество синонимов 1 - точный (electron transfer) и 8 - родственных
Определение термина Транспорт электронов от донора электронов к акцептору электронов
Количество родителей Связь is_a: 1
Связь part_of: 0
Количество дочерних терминов Связь is_a: 0
Связь part_of: 0

Связь is_a означает, что дочерний термин является частным случаем родительского, причем родительский полностью содержит в себе дочерний, например, electron transport is_a transport. Связь "A part_of B" означает, что А — часть В, но В необязательно содержит А, например, establishment of localization (установление локализации) part_of localization (локализация).

Поиск по идентификаторам GO в БД UniProt с помощью SRS. Протеом Anopheles gambiae. Результаты поиска в UniProt, 14.04.2006 г.

 Группа белков протеома Количество белков Запрос
Всего  16261  (([uniprot-Organism:Anopheles*] & [uniprot-Organism:gambiae*]) | [uniprot-Organism:Anopheles gambiae*])
С идентификаторами всех 3-х онтологий GO  2815  ((([uniprot-Organism:Anopheles*] & [uniprot-Organism:gambiae*]) | [uniprot-Organism:Anopheles gambiae*]) & ((([uniprot-DBxref:C:*] & [uniprot-DBxref:F:*]) & [uniprot-DBxref:P:*]) > parent ))
В том числе в митохондрии  54   (((([uniprot-Organism:Anopheles*] & [uniprot-Organism:gambiae*]) | [uniprot-Organism:Anopheles gambiae*]) & ((([uniprot-DBxref:C:*] & [uniprot-DBxref:F:*]) & [uniprot-DBxref:P:*]) > parent )) & ([uniprot-DBxref:C:*Mitochondrion*] > parent ))
В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции  0  
В том числе только с самыми плохими доказательствами функции  54  (((([uniprot-Organism:Anopheles*] & [uniprot-Organism:gambiae*]) | [uniprot-Organism:Anopheles gambiae*]) & (([uniprot-DBxref_:P:*] & [uniprot-DBxref_:F:*]) & [uniprot-DBxref_:C:*Mitochondrion*])) & ((((((([uniprot-DBxref_:RCA.*] | [uniprot-DBxref_:ISS.*]) | [uniprot-DBxref_:IEP.*]) | [uniprot-DBxref_:NAS.*]) | [uniprot-DBxref_:IEA.*]) | [uniprot-DBxref_:IC.*]) | [uniprot-DBxref_:ND.*]) ! ([uniprot-DBxref_:IDA.*] | [uniprot-DBxref_:TAS.*])))

В качестве хороших доказательств рассматривались обоснования с кодами IDA и TAS, то есть вёлся поиск белков, охарактеризованных только этими терминами GO. За плохие доказательства были приняты доказательства с кодами RCA, ISS, IEP, NAS, IEA, IC и ND. Странно, но все найденные митохондриальные белки имеют плохие доказательства функции, что говорит о плохой изученности этих белков и данные, полученные по ним, следует применять осторожно.

Слева можно видеть изображение заданного организма — малярийного комара (Anopheles gambiae).

Описание функции белка CyoB в EcoCyc

CyoB — субъединица I цитохром bo терминального оксидазного комплекса. CyoB содержит связывающие сайты для простетических групп цитохромов b562 и b555 и для Cu-кофактора. Белок CyoB включает 15 трансмембранных спиралей. Кристаллическая структура чистого цитохром bo терминального оксидазного комплекса говорит о том, что вероятный сайт связывания убихинона расположен в мембранном домене субъединицы I. Цитохром bo оксидазный комплекс — терминальная оксидаза в дыхательной цепи, используемая при высоких кислородных условиях для роста. Фермент катализирует двухэлектронное окисление убихинола в пределах мембраны и четырёхэлектронное восстановление молекулярного кислорода до воды (убихинол-8 + O2 <=> убихинон-8 + 2 H2O). В клетке выполняет функцию протонного насоса, перемещая 2H+/e- через цитоплазматическую мембрану, создавая протон-движущую силу. Состоит из четырёх субъединиц, три из которых отвечают за ферментативную активность. Эти субъединицы закодированы генами cyoB, cyoA, cyoC и cyoD, которые необходимы для функционирования фермента. Цитохром bo комплекс сходен с aa3 семейством цитохром c оксидаз.

Четвёртый семестр

© Снегирёв Александр, 2006