Второй семестр

Описание доменной структуры белка CYOB_ECOLI

Изображение доменной структуры белка CYOB_ECOLI:

В белке есть только один домен — N-концевой домен COX1

Идентификатор Pfam Сокращённое название Полное название на русском языке Положение домена в последовательности
PF00115 COX1 Цитохром С и хинолоксидаза полипептид I 47-505 а.о.

На рисунке изображена трёхмерная структура белка CYOB_ECOLI. Зеленым цветом обозначен домен COX1.

  Идентификатор PDB — 1fft.

Описание семейства доменов, к которому относится домен COX1

Цитохром с оксидаза — ключевой фермент в аэробном метаболизме. Протон-насосные гем-медные оксидазы являются ферментами передачи энергии в дыхательных цепях. CuB-heme a3 (или heme o) двухъядерный центр, связанный с наибольшей субъединицей I из цитохрома c и убиквинол оксидазы, непосредственно вовлечен в сцепление между уменьшением диоксигена и протонной перекачкой. Некоторые оксидазы производят трансмембранный протонный градиент через плазмолемму (прокариоты) или митохондриальную внутреннюю мембрану (эукариоты). Только каталитическая субединица (эквивалентный субединице I (CO I) у млекопитающих) найдена во всех гем-медных дыхательных оксидазах. Показано, что эубактериальная квинол оксидаза была получена из цитохрома c оксидаза в Gram-positive бактериях и что архейная хинолоксидаза имеет независимое происхождение.

Встречаемость белков с доменом COX1 в различных таксонах

Таксон Количество белков с доменом PF00115
Эукариоты Растения 280
Животные 19683
Грибы 71
Бактерии 280
Археи 26

Поражает частая встречаемость белков с доменом COX1 среди животных. Также удивительно, что он нередко появляется и в белках прокариот. Такая широкая распространенность видимо связана с необходимостью этого участка последовательности для поддержания жизнедеятельности организмов и важностью выполняемой им функцией.

Анализ основных типов доменной архитектуры белков, содержащих домен COX1

 По данным документа из базы данных Pfam можно установить:

Второй семестр

© Снегирёв Александр, 2005