Описание Краситель-обесцвечивающей пероксидазы Tfu_3078 из генома бактерии Thermobifida sp. fusca YX

В данном практикуме я соверщенствуюсь в создании html страничек, изучаю информацию о выданном мне белке. Также я учусь добывать и анализировать геномное окружение гена белка.

Основная информация о белке

Таблица 1. Описание Краситель-обесцвечивающей пероксидазы Tfu_3078 из генома бактерии Thermobifida sp. fusca YX
Идентификатор белка AAZ57111.1
Идентификатор генома CP000088.1
Название белка Краситель-обесцвечивающая пероксидаза Tfu_3078
Координаты гена в геноме 3600559..3601851
Длина гена (п.н.) 1293
Цепь обратная
Длина белка (а.о.) 430

Аминокислотная последовательность белка в формате Fasta 

>AAZ57111.1 dyp-type peroxidase [Thermobifida fusca YX]
MTEPDTERKGSSRRGFLAGLGAAALTGAGIGMAAGEVLRPLLPDSDPAASPEAEQRLRMA
AQRADATAAPQPGISGPAPAFVHVIALDLAEEARKNPDTARDSAAAALRSWTELAARLHE
ESPHDIAEGAASAGLLPASLMVTVGIGGSLLSAIDAEDRRPDALADLPEFSTDDLHPRWC
GGDFMLQVGAEDPMVLTAAVEELVAAAADATAVRWSLRGFRRTAAAARDPDATPRNLMGQ
IDGTANPAQDHPLFDRTITARPADNPAHAWMDGGSYLVVRRIRMLLTEWRKLDVAARERV
IGRRLDTGAPLGSRNETDPVVLSARDEEGEPLIPENAHVRLASPENNLGARMFRRGYSYD
QGWRDDGVRDAGLLFMAWQGDPATGFIPVQRSLADQGDALNRYIRHEGSALFAVPAAREG
RYLGQDLIEG
FASTA

Интересная информация

К сожалению, данный белок еще мало изучен. Дело в том, что он заинтересовал ученых совсем недавно, когда стало известно об участии белка в процессе деградации лигнина.

Я предполагаю, что этот белок помогает бактерии Thermobifida sp. fusca YX переваривать древесину.

Геномное окружение гена белка

С помощью координат выданного белка, я нашла интересующую меня область генома. Затем я воспользовалась режимом просмотра рамок считывания (Six frames translation). Геномное окружение белка дает представление о цепи ДНК, на которой он закодирован.

Картиночка
Рисунок 1. Геномное окружение гена белка Краситель-обесцвечивающей пероксидазы Tfu_307 (идентификатор белка: AAZ57111.1). Изображение получено с помощью геномного браузера NCBI

Красные полоcы показывают положение гена в координатах генома бактерии. Стрелки на полосах обозначают направление считывания последовательности. Зеленые штрихи — возможные старт-кодоны для данной рамки считывания. Красные штрихи — потенциальные стоп-кодоны. Серые полосы — возможные рамки считывания для обеих цепей.

Впечатления от выполненной практики

Работая над созданием страницы, я на практике поняла, что такое аминокислотная последовательность белка. Научилась изменять формат файлов. Также я смогла проанализировать информацию о белке и представить ее в наглядном виде на сайте.