Создание мутаций и выравниваний

Использованные команды:

seqret genome.gb:NC_007333.1[3600559:3601851] CDS.fasta

revseq CDS.fasta CDS.fasta

transeq CDS.fasta translated.fasta

needle translated.fasta DYP_THEFY.fasta well.needle -auto

transeq mutatedCDS-N.fasta translated-N.fasta

needle DYP_THEFY.fasta translated-5.fasta alignment-5.needle -auto

Немного теории

Синонимическая мутация — кодон продолжает кодировать ту же аминокислоту. Нонсенс-мутация — мутация, в результате которой кодон теряет способность кодировать какую-либо аминокислоту и становится стоп-кодоном, что приводит к преждевременной терминации синтеза белка. Миссенс-мутация — переключает кодон на кодирование другой аминокислоты.