C помощью базы данных белковых доменов PFAM был найден домен Mid2, входящий в последовательность выбранного белка. Далее в PFAM я выбрала все белки, содержащие данный домен. Таких нашлось 313. Чтобы получить множественное локальное выравнивание последовательностей найденных белков в меню PFAM я перешла во вкладку "alignments". В таблице необходимо было выставить параметры, чтобы выравнивание всех этих белков скачалось в формате fasta.
Выставляем:
Далее передо мной стояла задача отобрать из 313 последовательностей 10, выравнивание которых указало бы на гомолоичность полных последовательностей или их частей(блоков).
Для выполнения этой задачи были произведены следующие действия:
Рис.1 Кусочек полученного в Jalview выравнивания
Консервативными блоками я считала достаточно длинные участки выравнивания (более 8-ми позиций), на которых часто расположены консервативные или функционально-консервативные позиции, и ни в одной позиции нет гэпов.
Более того, я обращала внимание на то, чтобы консервативных позиций в блоке было не меньше половины и расстояния между ними было небольшим.
Рис.2 То же выравнивание с выделенными блоками.
Множественное выравнивание десяти белков с размеченными блоками
Какие выводы можно сделать из полученного выравнивания:На Рис.2 видно,что все три блока расположены достаточно близко друг к другу. Данный факт свидетельствует о гомологичности полных последовательностей белков, а не только их частей(доменов).