С заглавной страницы UniProt, перейдя по гиперссылке Proteomes и используя расширенный поиск, я нашла протеомы Escherichia coli (strain K12) и своей бактерии Thermobifida fusca (strain YX). Далее я щёлкнула по числу белков и загрузила файл с протеомом в формате fasta. Файл был запакован, поэтому я распаковала его командой gunzip.
grep -cE '>' Ecoli.fasta
grep -cE '>' Thefy.fasta
wordcount -wordsize 1 Ecoli.fasta (выводит файл, в котором подсчитано количество каждого а.о.)
wordcount -wordsize 1 Thefy.fasta
И последуюшего использования скрипта , написанного на python для получения суммы по всем а.к.
| Аминокислотный остаток | Встречаемость в протеоме Escherichia coli(%) | Встречаемость в протеоме Thermobifida fusca(%) | Разность(%) |
| A | 9.51 | 12.6 | -3 |
| L | 10.68 | 10.41 | 0 |
| V | 7.07 | 8.69 | -1 |
| G | 7.37 | 8.38 | -1 |
| R | 5.52 | 8.2 | -2 |
| E | 5.76 | 6.35 | 0 |
| P | 4.43 | 6.12 | -1 |
| T | 5.39 | 6.0 | 0 |
| D | 5.15 | 5.82 | 0 |
| S | 5.8 | 5.22 | 0 |
| I | 6.01 | 3.88 | 2 |
| Q | 4.44 | 3.0 | 1 |
| F | 3.89 | 2.83 | 1 |
| H | 2.27 | 2.32 | 0 |
| Y | 2.84 | 2.19 | 0 |
| K | 4.41 | 2.0 | 2 |
| N | 3.94 | 1.95 | 1 |
| M | 2.83 | 1.75 | 1 |
| W | 1.53 | 1.5 | 0 |
| C | 1.16 | 0.8 | 0 |
Из таблицы видно, что лейцин является наиболее часто встречаемым аминокислотным остатком для протеомов обеих бактерий. Самые редкие а.о. - цистеин и триптофан. Важно отметить, что разность между процентным содержанием аланина, аргинина, изолейцина и лизина приблизительно составляет 2%. Такой отрыв является довольно существенным т.к. в целом соответствующие а.о. встречаются в протеомах в одинаковых количествах.