Геномные браузеры
Задание 1. Поиск информации о гене белка в геномном браузере
Для выполнения данного задания я выбрала белок плазмы крови человека - альбумин, он составляет около 55 % от всех белков, содержащихся в плазме крови. Дело в том, что площадь поверхности белка-альбумина очень велика, поэтому он хорошо подходит для выполнения функции переноса веществ, транспортируемых кровью. К веществам, связываемым сывороточным альбумином, относятся: жирные кислоты, некоторые лекарства и многие другие.
| Номер транскрипта | Gencode ID транскрипта | Координаты транскрипта в хромосоме (включая UTR) | Число экзонов | Длина последовательности белка |
| 1 | ENST00000595820.6 | chr4:73,404,255-73,421,410 | 12 (11-кодирующих) | 396 aa |
| 2 | ENST00000295897.9 | chr4:73,404,287-73,421,482 | 15 (14-кодирующих) | 609 aa |
| 3 | ENST00000415165.6 | chr4:73,404,287-73,421,256 | 11 (10-кодирующих) | 417 aa |
Изображение из геномного браузера, включающее:
Задание 2. Работа с базой данных Ensembl.
В данном браузере я нашла ген человека ALB и выровняла его с гомологичным геном шимпанзе.
Для подсчёта различий я использовала команду infoalign Human_Chimpanzee_lastz.fa -only -diffcount -alignlength -heading infoalign.fasta
Длина выравнивания: 24417; Общее число различающихся позиций в выравнивании: 273;
Оценим процент различий на 100 нуклеотидов: 273*100/24,417 = 1,12%
Данный результат не противоречит общепринятому мнению о том, что геном человека и шимпанзе отличается на 1-2%.