GO - String - Human Protein Atlas

Часть 1 – GO Enrichment Analysis

1. Для выполнения заданий практикума мне был предложен набор ID из файла list37.txt. Этот список включает 26 ID.

2. Был проведен GO Enrichment Analysis ID из моего списка, мне повезло и все ID из моего списка участвовали в анализе обогащения.

3.В выдаче оказалось 61 GO terms.

4. Далее я отсортировала выдачу по поправленному p-value так, что наверху оказались самые значимые находки. Вот список 10 самых значимых GO terms: glycerophospholipid biosynthetic process (GO:0006661), phosphatidylinositol biosynthetic process (GO:0008654), glycerolipid biosynthetic process (GO:0045017), phospholipid biosynthetic process (GO:0046474), phosphatidylinositol metabolic process (GO:0046488), glycerophospholipid metabolic process (GO:0006650), phospholipid metabolic process (GO:0006644), glycerolipid metabolic process (GO:0046486), lipid biosynthetic process (GO:0008610), organophosphate biosynthetic process (GO:0090407)

5. Затем я взяла 5 самых значимых GO terms и визуализировала их на графе:

6. Все узлы соединены между собой соотношениями 'Is a...'.

7. По всей видимости, мой набор ID участвует в биосинтезе ряда липидов в клетке, в частности, фосфолипидов - главных компонентов клеточной мембраны и гликолипидов - так же входящих в состав клеточной мембраны.

Часть 2 - String

Далее я проанализировала мой список ID с помощью сервиса String.

1. В результате был получен граф, в котором указано есть ли взаимодейсвия между белками(какие они) в организме человека и откуда нам это известно:

2. По графу видно, что для 20 белков указано наличие установленной 3D структуры.

3. Также, если приглядеться внимательно к цвету ребер графа, можно заметить, что преобладают 5 разных цветов: фиолетовый, голубой, желтый. Реже встречаются черный и светло голубой. Не встречаются ребра зелёного, красного или синего цвета. Таким образом, вывод о выполнении белками общей фунции чаще всего был подтвержден экспериментально, взят из курируемой базы данных или получен в результате анализа тестовой информации. Если нажать кнупку more, появляются новые узлы (белки) и, как следствие, рёбра зелёного, красного и синего цвета.

4. Вышепредставленная таблица дает возможность оценить представленность каждого отдельного белка из списка в живых организмах. Чем темнее закрашенный квадратик, тем больше похожи между собой белок из списка и гомологичный ему в том или ином организме (если гомолог вообще есть). Набор моих белков консервативен внутри группы плацентарных млекопитающих (Eutheria). В некоторых других таксонах данный набор белков также представлен (см. таблицу), однако гомологичные белки сильно отличаются от исходных (из списка).

Также была получена информация о коэкспрессии изучаемых белков:

5. Цвет квадратика указывает на достоверность информации о коэкспрессии. В организме человека мы можем говорить о высокой вероятности коэкспрессии только 2 пар белков.