Визуализация молекул в JMol.

На этой странице вы можете ознакомиться с 3D моделью белкового комплекса фага Т4 с лизоцимным доменом (идентификатор - 7CN7).

скачать скрипт jmol

Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре

#	Имена атомов	Длина связи, Å	Угол N-H-O, °
Альфа-спирали
1	N(LYS309)-O(GLU305)	2.99	167.3
2	N(ALA310)-O(LYS306)	2.9	161.5
3	N(ALA307)-O(ASP303)	2.95	160.1
Бета-листы
1	N(ILE200)-O(HIS204)	2.97	150.2
2	N(HIS204)-O(ILE200)	2.88	148.2
3	N(ARG187)-O(GLY201)	2.95	162.4

Выводы

В среднем длина связи составляет 2.95 Å в альфа-спиралях и 2.93 Å в бета-листах. Средние величины углов - 162.97 и 153.6 для альфа-спиралей и бета-листов соответственно. Таким образом, длина связи не превосходит 3 Å, а угол не менее 150°, что согласуется с литературными данными[1].

Ссылки

[1] Arunan E. et al, Definition of the hydrogen bond (IUPAC Recommendations 2011)