Банки нуклеотидных последовательностей

1. Описание сборки генома эукариотического организма

Название организма: vulpes vulpes

Vulpes vulpes или обыкновенная лисица - это хищное млекопитающее семейства псовых, наиболее распространенный и самый крупный вид рода лисиц. Лисы распространены весьма широко по земному шару. Они заселяют почти все ландшафтно-географические зоны, начиная с тундры и заканчивая степями и пустынями, включая горные массивы всех климатических зон. В зависимости от местности их внешний вид немного различается. Всего насчитывают 40-50 подвидов без учета более мелких форм. В общем, при передвижении на север лисицы становятся более крупными и светлыми. Также в северных районах обитают меланистические формы. А вот южные звери заметно тусклее и мельче.

Photo © bkinder832 / iNaturalist.org. Algonquin Provincial Park, Nipissing, Ontario, Canada. CC BY-NC 4.0

Ссылка на запись в GenBank

Ссылки на публикации:

Red fox genome assembly identifies genomic regions associated with tame and aggressive behaviours.

Pinniped phylogeny and a new hypothesis for their origin and dispersal.

2 сборки
название: vulpes vulpes strain TameXAggressive cross scaffold82426, whole genome shotgun sequence
AC сборки из RefSeq: GCF_003160815.1
уровень сборки: Scaffold
общая длина последовательности: 2,421,568,072
число контигов и скэффолдов: 183,898 и 82,424 соответственно
N50 для контигов: 55,450
N50 для скэффолдов: 12,472,085
L50 для контигов: 12,033
L50 для скэффолдов: 55
ссылка на fasta-файл

2. Последовательности CDS одного из прокариотических вирусов

В этом упражнении мне нужно было найти геном вируса семейства podoviridae c длиной генома от 30000 до 40000 bp.Мною был выбран serratia phage SALSA.

Запрос: podoviridae[ORGANISM] AND 30000:40000[SLEN] AND "complete genome"[All Fields]

ссылка на файл с CDS (Send to > Coding sequences > FASTA nucleotide > Create file)

AC нуклеотидной записи: MT419366.1
латинское название: Serratia phage SALSA
TaxID: 2736256
тип генома: двухцепочечная линейная ДНК
хозяин вируса: Serratia marcescens

3. Описать пять ключей, используемых в таблице локальных особенностей

V_segment

Вариабельный сегмент легкой и тяжелой цепей иммуноглобулина и альфа-, бета- и гама-цепей Т-клеточного рецептора

Пример использования: АС - NG_007044;
```
                join(501..549,1128..1410)
                /gene="Trav1"
                /gene_synonym="Gm13987"
                /standard_name="TRAV1"
                /db_xref="GeneID:627171"
                
```

misc_feature

Интересный с биологической точки зрения участок, который нельзя описать любым другим ключом.

Пример использования: АС - NG_007044;

                22961..22963
                /gene="Olfr1509"
                /gene_synonym="MOR244-3; Mor83; Or83"
                /note="N-linked (GlcNAc...) asparagine.
                /evidence=ECO:0000255; propagated from
                UniProtKB/Swiss-Prot (Q7TQQ0.1); glycosylation site"

tRNA

участок, кодирующий тРНК

Пример использования: АС - BA000007.3;

                228713..228789
                /gene="ileV"
                /locus_tag="ECs_R0024"
                /product="tRNA-Ile"
                /note="anticodon: gat"

C_region

Константный участок легкой и тяжелой цепей иммуноглобулина и альфа, бета и гама цепей Т-клеточного рецептора. Влючает один или несколько экзонов в зависимости от участка.

Пример использования: АС - NG_007044;
```
                join(1793055..1793315,1794640..1794684,1795525..1795632,
                1796220..1796732)
                /gene="Trac"
                /gene_synonym="Gm16914; Tcra; Tcra-C"
                /standard_name="TRAC"
                /db_xref="GeneID:100101484"
                
```

CDS

Белок-кодирующая последовательность

Пример использования: АС - NG_007044;

                1767024..1767083
                /gene="Traj26"
                /gene_synonym="Gm16818"
                /exception="rearrangement required for product"
                /codon_start=3
                /db_xref="GeneID:100124363"
                /db_xref="IMGT/GENE-DB:TRAJ26"
                /db_xref="MGI:MGI:4439742"