Описание генома вируса Human papillomavirus type 129
Папилломавирус человека (HPV - Human Papillomavirus) - вирус из рода папилломавирусов, семейства паповавирусов. Передаётся только от человека к человеку и приводит к изменению характера роста тканей. Эти вирусы - одни из самых распространенных. По некоторым оценкам, до 60% и более людей являются их носителями. Известно более 100 видов ВПЧ. Из них более 40 - могут вызвать поражение аногенитального тракта (половые органы и анальное отверстие) мужчин и женщин и появление остроконечных кондилом. Некоторые из них безвредны, другие вызывают бородавки, некоторые вызывают рак.
По типу носителя генома вирус Human papillomavirus type 129 (Папилломавирус человека) классифицируется как dsDNA вирус, то есть стадия РНК отсутствует. Идентификатор последовательности в базе данных EMBL GU233853. В записи приведена последовательность полного генома вируса и информация о генах. Длина последовательности в записи 7219 bp (пар нуклеотидов). Количество генов - 7.
Список генов и их некоторые характеристики приведены в табл. 1.
Табл. 1. Гены вируса Human papillomavirus type 129 (Идентификатор GU233853)
|
№ |
Название гена |
Начало |
Конец |
Направление |
Длина в парах нуклеотидов |
|
1 |
E6 |
1 |
459 |
Прямое |
459 |
|
2 |
E7 |
462 |
755 |
Прямое |
294 |
|
3 |
E1 |
739 |
2544 |
Прямое |
1806 |
|
4 |
E2 |
2489 |
3649 |
Прямое |
1161 |
|
5 |
E4 |
2922 |
3419 |
Прямое |
498 |
|
6 |
L2 |
3651 |
5168 |
Прямое |
1518 |
|
7 |
L1 |
5177 |
6730 |
Прямое |
1554 |
Гены с номерами 2-3, 3-4, 4-5 в табл. 1 пересекаются. Между генами есть промежутки. Длина всех генов делится на 3. Сдвигов рамки считывания нет. Графическое изображение пересечения генов приведено на рис. 1
Рис. 1 (б) Пересечение генов E1 и E2
Рис. 1 (в) Пересечение генов E2 и E4