Идентификатор записи, содержащей данные о полном геноме археи: NC_003364, в базе данных RefSeq. Длина последовательности генома: 2222430 пар нуклеотидов. Геном закодирован на кольцевой, двухцепочечной ДНК. Число генов: 2703. Число генов, кодирующих белок: 2602. Также в данной записи содердится информация о генах, кодирующих ферментаАденосинтрифосфотаза.
Аденозинтрифосфатсинтаза - группа ферментов, синтезирующих аденозинтрифосфат (АТФ) из аденозиндифосфата (АДФ) и неорганических фосфатов. Название по номенклатуре - АТФ-фосфогидролаза, однако, так как фермент чаще всего работает в обратную сторону, т.е. синтезирует АТФ, его по смыслу называют синтазой. Энергию для синтеза АТФ-синтаза часто получает от протонов, проходящих по электрохимическому градиенту, например из просвета хлоропласта в его строму, или же из межмембранного пространства в матрикс митохондрии. Реакция синтеза такова:
АДФ + Фн -> АТФ + H2O
Согласно идентификаторам в таблице генов АТФ-синтаз, мой ген V-type ATP synthase subunit B, с protein_id NP_559102.1.
Не найдя рядом с исходным геном генов на одной цепи и с одной рамкой считывания, что является необходимым условием оперона, нажала в поле «Find on sequence» “V-type ATP synthase subunit”. Поиск выдал 4 гена, находящихся на большом расстоянии друг от друга и с генами между ними, кодирующими другие белки, например 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase и другие. Что это значит? Значит ли это, что гены, кодирующие субъединицы V-type ATP synthase этой бактерии находятся в разных оперонах? К сожалению, я не разобралась в данном вопросе. Предполагаю, что не у всех организмов гены белков, входящих в состав АТФ-синтазы транскрибируются в одном опероне.
Прилагаю результат поиска:
(a)
(б)
Рис.2. Гены АТФ-синтазы в геноме археи Pyrobaculum aerophilum str. IM2 (а) Результаты поиска по ключевому слову "ATP-synthase"(б) Участок генома, содержащий гены, кодирующие белки в предполагаемом опероне. Синими стрелками обозначены рассматриваемые гены. Захваченная область генома: 357k..676k нуклеотидов. Общая длина 319 тысяч нуклеотидных пар
В таблице 2 указана информация о генах, кодирующих субъединицы АТФ-синтазы.
|
Номер гена |
Координаты гена в геноме |
Идентификатор гена |
Продукт гена по днным NCBI |
Перевод данных о продукте |
|
1 |
357,390..359,171 |
NP_558750.1 |
V-type ATP synthase subunit A |
А субъединица VOV1 АТФ-синтазы |
|
2 |
419,659..420,687 |
NP_558823.1 |
H+-transporting ATP synthase subunit C |
H+- транспортирующая субъединица C АТФ-синтазы |
|
3 |
674,498..675,901 |
NP_559102.1 |
V-type ATP synthase subunit B |
B субъединица VOV1 АТФ-синтазы |