На рис.1 представлена трезмерная структура белка алкоголь дегидрогеназа у археи Pyrobaculum aerophilum, полученная с помощью программы Jmol.
Рис.1 Трехмерная структура белка алкоголь дегидрогеназа. Розовым отмечены альфа-спиради, фиолетовым 310 спирали, желтым - бета-листы, белым - остальные части белка, синим полупрозрачным - молекулы воды, зеленым - лиганды.
Данная структура получена при выполнении следующих команд Jmol:
cpk off stars off backbone off wireframe off zoom 60 rotate 10 select protein color white backbone select helix color structure cartoons select sheet color structure rockets select ligands color green cpk color green select water cpk color blue color translucent 0.7 background [139,119,101]
Из исходного файла в формате PDB с последовательностью белка была получена следующая информация:
TITLE 2.35A RESOLUTION STRUCTURE OF NADPH BOUND THERMOSTABLE ALCOHOL
TITLE 2 DEHYDROGENASE FROM PYROBACULUM AEROPHILUM
COMPND MOL_ID: 1;
COMPND 2 MOLECULE: ALCOHOL DEHYDROGENASE (ZINC);
COMPND 3 CHAIN: A, B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P;
COMPND 4 EC: 1.1.1.1;
COMPND 5 ENGINEERED: YES
EXPDTA X-RAY DIFFRACTION
REMARK 2
REMARK 2 RESOLUTION. 2.35 ANGSTROMS.
HETNAM NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
HETNAM 2 NDP PHOSPHATE
HETNAM ZN ZINC ION
FORMUL 17 NDP 16(C21 H30 N7 O17 P3)
FORMUL 18 ZN 16(ZN 2+)
FORMUL 49 HOH *1107(H2 O)