Так как мой белок состоит из множества цепей, я искала гомологов для цепи A. Всего сервисом PBDeFold было просмотерно 97575 записей, (252909 цепей), найдено 509 структур сходных с моим белком. Первые 25 результатов выдавали тот же белок, что и мой, но с разным резрешением и связанные или не связанные с лигандами. Для дальнейшего анализа я выбрала белок с описанием CRYSTAL STRUCTURE OF ALCOHOL DEHYDROGENASE FROM BRUCELLA MELITENSIS. Параметры находки вы можете найти в табл.1
Табл.1 Параметры находки
| Параметр находки | Расшифровка параметра | Значение |
| Match | PDB код и цепочка находки | 3meq:C |
| Title | Название структуры с находкой | CRYSTAL STRUCTURE OF ALCOHOL DEHYDROGENASE FROM BRUCELLA MELITENSIS |
| RMSD | Root Mean Square Deviation, среднее квадратичное всех расстояний между соответствующими C-? атомами | 1.57 |
| N_align | число сопоставленных C_alpha атомов во входной цепочке и в находке | 313 |
| %seq | процент совпадающих аминокислотных остатков среди всех сопоставленных | 28 |
| N_g | число "гэпов", т.е. участков расхождения полипептидных цепей сравниваемых белков | 12 |
На рис. 1 изображен участок совмещения белков, содержащий гэп и довольно хорошо совмещаемые структуры. Рисунок получен с помощью следующего кода Jmol:
reset select all labels off backbone off cpk off select all ribbons color ribbons [220,100,200] translucent 0.95 define btoa (within (1.5, (*.CA and :A)) and :B and *.CA) select btoa color [127,255,0] define atob (within (1.5, btoa) and :A and *.CA) select atob color blue select 192-202:A.CA or 196-206B.CA cpk 100 backbone 60 color backbone [220,220,220] label set labelfront color labels black select selected and not atob and not btoa color red select atob and (192-202:A.CA or 196-206B.CA) label set labeloffset 10 -5 select btoa and (192-202:A.CA or 196-206B.CA ) label set labeloffset 10 10 zoom 300
Рис. 1. Участок совмещаемых структур. Зеленым цветом обозначены C alpha атомы найденного белка, а синим - C alpha атомы исходного белка, красным - "гэп". C alpha атомы показаны шариковой модели, остовные атомы показаны в модели backbone. Серым цветом в шариковой модели обозначены плохо совмещаемые C alpha атомы, образующие гэп. Хорошо совмещаемыми участками я обозначила те, которые находятся на расстоянии не более 1.5 ангстрем.
Рис.2 Совмещение белков. Зеленым показаны хорошо совмещаемые участки белка, красным - плохо совмещающиеся и гэпы.