На данной странице будут представлены внетримолекулярные взаимодействие в структере алкоголь дегидрогеназы археи Pyrobaculum aerophilum, а именно гидрофобные взаимодействия, водородные связи, солевые мостики, дисульфидные мостики.
Водородная связь — форма ассоциации между электроотрицательным атомом и атомом водорода H, связанным ковалентно с другим электроотрицательным атомом. В качестве электроотрицательных атомов могут выступать N, O или F. Водородные связи могут быть межмолекулярными или внутримолекулярными.
Рис.1.1. Остовные водородные связи альфа спирали. Зеленым полупрозрачным цветом изображена одна из альфа спиралей белка. Проволочной моделью (wireframe) и раскраской по виду атомов (cpk) изображены аминокислоты данной спирали. На рисунке подписаны также первый и последний аминокислотные остатки альфа-спирали. Пунктирными голубыми линиями изображены водородные связи. Красным шакриком отмечен атом кислорода валина с номерм 181, находящимся в цепи А - акцептор в типичной водородной связи. Синим шариком отмечен атом азота в аминокислоте лизин А с номерм 185, находящимся в цепи А - донор в типичной водородной связи. Длина такой связи равна 0.316 нм.
Рис.1.2. Остовные водородные связи альфа спирали. Зеленым полупрозрачным цветом изображен бета-лист, состоящий из 6 тяжей. Все тяжи параллельны. Проволочной моделью (wireframe) и раскраской по виду атомов (cpk) изображены аминокислоты данной спирали. На рисунке подписаны также первый и последний аминокислотные остатки каждого бета-листа. Пунктирными голубыми линиями изображены водородные связи. Красным шакриком отмечен атом кислорода лейцина с номерм 229, находящимся в цепи E - акцептор в типичной водородной связи. Синим шариком отмечен атом азота в аминокислоте валин в цепи Е с номерм 170, находящимся в цепи А - донор в типичной водородной связи. Длина такой связи равна 0.295 нм.
Все следующие изображения были получены с помощью скритов: для обозначения типов аминокислот , для получение рис.1.1, для получение рис.1.2
Рис.2.1. Изображение всех солевых мостиков в белке (21 мостик). Взаимодействующие аминокислоты покрашены методом CPK, сами соленые мостики покрашены зеленым. Изображение получено с помощью следующего скрипта: скрипт.
Рис.2.2. Изображение, солевого мостика между одной парой аминокислотных остатков цепей. Указано расстояние между донором и акцептором водорода.
Рис. 3. Водородная связь, не являющаяся солевым мостиком. Зеленым изображены взаимодействующие атомы.
К сожалению, при выполнении следующего скрипта jMol программа jMol не выявила наличия дисульфидных мостиков, которые должны были покрасится черным.
Рис.4.1 Изображение цистеинов алкогольдегидрогеназы, цистеины покрашены оранжевым, атомы серы покрашены желтым, белок покрашен белым полупрозрачным.
Для рассмотрения дисульфидных связей в молекуле белка я использовала другой белок - инсулин, с идентификатором PDB: 1AI0. Результат работы вышеуказанного скрипта показан на рисунке 4.2
Рис. 4.2 Изображение дисульфидных связей в молекуле инсулина. Цистеины покрашены оранжевым в проволочной модели, атомы серы покрашены желтым, белок покрашен белым полупрозрачным, дисулфидные связи изображены черным.
Рис.5.1. Изображение гидрофобного кластера белка. Изображение получено с помощью следующего скрипта. Кластер покрашен желтым и изображен с помощью модели SPACEFILL. Белок изображен с помощью модели CARTOONS и покрашен белым полупрозрачным.