| Геном или таксон | Строка запроса | Число записей | Комментарии | |
| 1 | геном Pyrobaculum aerophilum DSM 7523 | organism:"Pyrobaculum aerophilum DSM 7523" | 0 | Непонятно... |
| 2 | геном Pyrobaculum aerophilum DSM 7523 | organism:"Pyrobaculum aerophilum (strain ATCC 51768 / IM2 / DSM 7523 / JCM 9630 / NBRC 100827) [178306]" | 2,590 | Использовано полное название организма. Уже хорошо, организм мы нашли! |
| 3 | геном Pyrobaculum aerophilum DSM 7523 | organism:"Pyrobaculum aerophilum (strain ATCC 51768 / IM2 / DSM 7523 / JCM 9630 / NBRC 100827) [178306]" AND name:ATP | 62 | Наличие посторонних результатов, т.к. присутствует такие белки как: Oligopeptide transport ATP-binding protein |
| 4 | геном Pyrobaculum aerophilum DSM 7523 | organism:"Pyrobaculum aerophilum (strain ATCC 51768 / IM2 / DSM 7523 / JCM 9630 / NBRC 100827) [178306]" AND name:"ATP synthase" | 7 | Похоже на правду. Но на всякий случай перепроверим. |
| 5 | геном Pyrobaculum aerophilum DSM 7523 | organism:"Pyrobaculum aerophilum (strain ATCC 51768 / IM2 / DSM 7523 / JCM 9630 / NBRC 100827) [178306]" AND gene:atp* | 2 | Хм... Предыдущие резульататы были больше похожи на правду. В результатх этого поиска присутствуют только 2 записи - альфа и бета цепи. Предыдущий результат включает также субъединицы D, F, C, I |
| 6 | геном Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514 | organism:"Pyrobaculum arsenaticum" AND name:"ATP synthase" | 4 |
Сочтем результат поиска номер 4 наиболее правильным. Результатом поиска являются 7 записей, 2 из них в базе данных SwissProt и проверены экспертом.
Рис.1 Результат запроса номер 4
Одним из результатов работы является файл с найденными последовательностями субъединиц АТФ-синтазы.
Из найденных: 0 белков с подтвержденным существованием на белковом уровне (evidence at protein level), 0 белков с подтвержденным существованием на уровне транскриптов (evidence at transcript level), 3 выведениы из гомологии(inferred from homology), 4 предсказаны (predicted) и нет не определенных с уверенностью(uncertain)
Следующим задание было выполнениеподобного поиска для бактерии того же рода. Я выбрала Pyrobaculum arsenaticum. Запрос на поиск можно найти в таблице 1 (поиск номер 6).
Рис.2 Результат запроса номер 6
Последовательность в FASTA формате.
В отличие от поиска по Pyrobaculum arsenaticum IM2, в данном поиске были найдены только 4 последовательности, из которых 2 проверены экспертом. 2 последовательности выведены из гомологии(inferred from homology), 2 предсказаны (predicted).
Заданием номер 3 было нахождение белков, гомологичных исследуемому. При его выполнении я исходила из определения гомологичных белков. Гомологичные белки (homologous proteins) [греч. homologos — соответственный, подобный] — белки, имеющие сходную структуру, общее эволюционное происхождение и выполняющие одинаковую функцию у разных видов организмов.
Так как нужно было найти белки, гомологичные одной из субъединиц АТФ-синтазы, я использовала следующий запрос name:"ATP synthase subunit alpha" AND taxonomy:"Archaea [2157]", но к сожалению поиск выдал всего 3 белка. Поэтому я использовала запрос name:"ATP synthase subunit alpha", скриншот результатов поиска вы можете найти на рис. 3. Число находок: 959 в Swiss-prot, 14498 в TrEMBL. fasta файл с 10-ю выбранными последовательностями, которые очевидно относятся к бактериальным геномам вы можете найти здесь, скриншот страницы Uniprot с выбранными находками вы можете найти на рис. 4
Рис. 3 Скриншот результатов поиска
Рис.4 Скриншот с выбранными последовательностями