В этом практикуме нам было предложено ознакомиться с базой данных Uniprot. С помощью сервиса ID mapping я узнала идентификатор моего белка (алкоголь дегидрогеназа, идентификатор в PDB - 4JBI) - Q8ZUP0_PYRAE и его аccession number - Q8ZUP0.
Далее было предложено найти 2 ортолога моего белка, и информацию о моем белке и об оргтолагах занести в таблицу (см. Таблица 1). Для выполнения этого задания мной был использован следующий запрос в Advanced search: в поле Protein Name [DE] я указала Alcohol dehydrogenase и добавив еще один критерий поиска, указала в поле Taxonomy [OC] название рода Pyrobaculum. В результате поиск выдал 30 результатов. Я выбрала 2 белка из них: A4WMP3_PYRAR и B1YBY3_PYRNV.
| Идентификатор записи | ID | Q8ZUP0_PYRAE | A4WMP3_PYRAR | B1YBY3_PYRNV |
| Код доступа первый ("Accession number") | AC | Q8ZUP0 | A4WMP3 | B1YBY3 |
| Код(ы) доступа (остальные) | AC | -- | -- | -- |
| Дата создания документа | DT | 01-MAR-2002 |
29-MAY-2007 |
20-MAY-2008 |
| Дата последнего исправления аннотации | DT | 19-FEB-2014 | 13-NOV-2013 | 13-NOV-2013 |
| Название (краткое описание) белка | DE | SubName: Full=Alcohol dehydrogenase (Zinc) | SubName: Full=Alcohol dehydrogenase GroES domain protein | SubName: Full=Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein |
| Название организма | OS | Pyrobaculum aerophilum (strain ATCC 51768 / IM2 / DSM 7523 / JCM 9630 / NBRC 100827) | Pyrobaculum arsenaticum (strain DSM 13514 / JCM 11321) | Pyrobaculum neutrophilum (strain DSM 2338 / JCM 9278 / V24Sta) (Thermoproteus neutrophilus) |
| Таксономия | OC | Archaea; Crenarchaeota; Thermoprotei; Thermoproteales; Thermoproteaceae; Pyrobaculum | Archaea; Crenarchaeota; Thermoprotei; Thermoproteales; Thermoproteaceae; Pyrobaculum | Archaea; Crenarchaeota; Thermoprotei; Thermoproteales; Thermoproteaceae; Pyrobaculum |
| Название гена и синонимы | GN | OrderedLocusNames=PAE2687 | OrderedLocusNames=Pars_2114 | OrderedLocusNames=Tneu_0419 |
| Номер публикции | RX | Присутствуют 2 публикации: (1) PubMed=11792869; DOI=10.1073/pnas.241636498 (2)PubMed=23755111 |
Не указана | Не указана |
| Авторы публикации | RA | (1)Fitz-Gibbon S.T., Ladner H., Kim U.-J., Stetter K.O., Simon M.I., Miller J.H. (2)Vitale A., Thorne N., Lovell S., Battaile K.P., Hu X., Shen M., D'Auria S., Auld D.S. |
Copeland A., Lucas S., Lapidus A., Barry K., Glavina del Rio T., Dalin E., Tice H., Pitluck S., Chain P., Malfatti S., Shin M., Vergez L., Schmutz J., Larimer F., Land M., Hauser L., Kyrpides N.,Mikhailova N., Cozen A.E., Fitz-Gibbon S.T., House C.H., Saltikov C., Lowe T.M., Richardson P. | Copeland A., Lucas S., Lapidus A., Glavina del Rio T., Dalin E., Tice H., Bruce D., Goodwin L., Pitluck S., Sims D., Brettin T., Detter J.C., Han C., Kuske C.R., Schmutz J., Larimer F., Land M., Hauser L., Kyrpides N., Mikhailova N., Biddle J.F., Zhang Z., Fitz-Gibbon S.T., Lowe T.M., Saltikov C., House C.H., Richardson P. |
| Название публикации | RT | Physicochemical characterization of a thermostable alcohol dehydrogenase from Pyrobaculum aerophilum." | "Complete sequence of Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514." | "Complete sequence of Thermoproteus neutrophilus V24Sta." |
| Журнал | RL | PLoS ONE 8:e63828-e63828(2013) | Submitted (APR-2007) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases | Submitted (MAR-2008) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases. |
| Чем обосновано существование белка | PE | 1: Evidence at protein level | 4: Predicted | 4: Predicted |
| Ссылки на базу 3D структур PDB | DR | EMBL; AE009441; AAL64366.1; -; Genomic_DNA. RefSeq; NP_560184.1; NC_003364.1. PDB; 4JBG; X-ray; 1.75 A; A/B/C/D=1-331. PDB; 4JBH; X-ray; 2.20 A; A/B/C/D=1-331. PDB; 4JBI; X-ray; 2.35 A; A/B/C/D/E/F/G/H/I/J/K/L/M/N/O/P=1-331. PDBsum; 4JBG; -. PDBsum; 4JBH; -. PDBsum; 4JBI; -. ProteinModelPortal; Q8ZUP0; -. STRING; 178306.PAE2687; -. EnsemblBacteria; AAL64366; AAL64366; PAE2687. GeneID; 1464707; -. KEGG; pai:PAE2687; -. eggNOG; COG0604; -. HOGENOM; HOG000294677; -. OMA; RITACAK; -. ProtClustDB; CLSK632127; -. BioCyc; PAER178306:GCEO-1934-MONOMER; -. GO; GO:0000166; F:nucleotide binding; IEA:UniProtKB-KW. GO; GO:0016491; F:oxidoreductase activity; IEA:InterPro. GO; GO:0008270; F:zinc ion binding; IEA:InterPro. Gene3D; 3.40.50.720; -; 1. Gene3D; 3.90.180.10; -; 1. InterPro; IPR013149; ADH_C. InterPro; IPR013154; ADH_GroES-like. InterPro; IPR002085; ADH_SF_Zn-type. InterPro; IPR011032; GroES-like. InterPro; IPR016040; NAD(P)-bd_dom. PANTHER; PTHR11695; PTHR11695; 1. Pfam; PF08240; ADH_N; 1. Pfam; PF00107; ADH_zinc_N; 1. SUPFAM; SSF50129; SSF50129; 1. |
EMBL; CP000660; ABP51660.1; -; Genomic_DNA. RefSeq; YP_001154312.1; NC_009376.1. ProteinModelPortal; A4WMP3; -. STRING; 340102.Pars_2114; -. EnsemblBacteria; ABP51660; ABP51660; Pars_2114. GeneID; 5054952; -. KEGG; pas:Pars_2114; -. eggNOG; COG1064; -. HOGENOM; HOG000294685; -. KO; K15020; -. OMA; CKNRVLY; -. ProtClustDB; PRK13771; -. BioCyc; PARS340102:GHGQ-2149-MONOMER; -. GO; GO:0016491; F:oxidoreductase activity; IEA:InterPro. GO; GO:0008270; F:zinc ion binding; IEA:InterPro. Gene3D; 3.40.50.720; -; 1. Gene3D; 3.90.180.10; -; 1. InterPro; IPR013149; ADH_C. InterPro; IPR013154; ADH_GroES-like. InterPro; IPR002085; ADH_SF_Zn-type. InterPro; IPR002328; ADH_Zn_CS. InterPro; IPR011032; GroES-like. InterPro; IPR016040; NAD(P)-bd_dom. PANTHER; PTHR11695; PTHR11695; 1. Pfam; PF08240; ADH_N; 1. Pfam; PF00107; ADH_zinc_N; 1. SUPFAM; SSF50129; SSF50129; 1. PROSITE; PS00059; ADH_ZINC; 1. |
EMBL; CP001014; ACB39367.1; -; Genomic_DNA. RefSeq; YP_001793813.1; NC_010525.1. ProteinModelPortal; B1YBY3; -. STRING; 444157.Tneu_0419; -. EnsemblBacteria; ACB39367; ACB39367; Tneu_0419. GeneID; 6166103; -. KEGG; tne:Tneu_0419; -. eggNOG; COG1062; -. HOGENOM; HOG000294674; -. KO; K14465; -. ProtClustDB; CLSK802743; -. BioCyc; TNEU444157:GHL2-421-MONOMER; -. GO; GO:0016491; F:oxidoreductase activity; IEA:InterPro. GO; GO:0008270; F:zinc ion binding; IEA:InterPro. Gene3D; 3.40.50.720; -; 1. Gene3D; 3.90.180.10; -; 1. InterPro; IPR013149; ADH_C. InterPro; IPR013154; ADH_GroES-like. InterPro; IPR002085; ADH_SF_Zn-type. InterPro; IPR002328; ADH_Zn_CS. InterPro; IPR011032; GroES-like. InterPro; IPR016040; NAD(P)-bd_dom. PANTHER; PTHR11695; PTHR11695; 1. Pfam; PF08240; ADH_N; 1. Pfam; PF00107; ADH_zinc_N; 1. SUPFAM; SSF50129; SSF50129; 1. PROSITE; PS00059; ADH_ZINC; 1. |
| Особенность: связывание металла | Связывание ионов Zn, Co | - | - | |
Таблица 1