| Название | Мнемоника |
|---|---|
| Bacillus anthracis | BACAN |
| Staphylococcus aureus | STAA1 |
| Staphylococcus epidermidis | STAES |
| Streptococcus pyogenes | STRP1 |
| Lactococcus lactis | LACLM |
| Clostridium botulinum | CLOB1 |
| Finegoldia magna | FINM2 |
(((BACAN, (STAA1, STAES)),(LACLM,STRP1)),(CLOB1,FINM2))
Дерево содержит 4 нетривиальные ветви (т.е. дерево можно разделить на две группы, в каждой из которых более одного организма)
(BACAN, (STAA1, STAES)) против ((LACLM,STRP1),(CLOB1,FINM2))
((BACAN,(LACLM,STRP1),(CLOB1,FINM2)) против (STAA1, STAES)
(((BACAN, (STAA1, STAES)),(CLOB1,FINM2)) против (LACLM,STRP1)
((BACAN, (STAA1, STAES)),(LACLM,STRP1)) против (CLOB1,FINM2)
Воспользовавшись таксономическим сервисом NCBI, я определила к каким таксонам относятся выбранные мной бактерии. Сначала установив, что все они приналежат к типу Firmicutes, я двигалась от высших по рангу таксонов к меньшим.
| Название | Мнемоника | Класс | Порядок | Семейство |
|---|---|---|---|---|
| Bacillus anthracis | BACAN | Bacilli | Bacillales | Bacillaceae |
| Staphylococcus aureus | STAA1 | Bacilli | Bacillales | Staphylococcaceae |
| Staphylococcus epidermidis | STAES | Bacilli | Bacillales | Staphylococcaceae |
| Streptococcus pyogenes | STRP1 | Bacilli | Lactobacillales | Streptococcaceae |
| Lactococcus lactis | LACLM | Bacilli | Lactobacillales | Streptococcaceae |
| Clostridium botulinum | CLOB1 | Clostridia | Clostridiales | Clostridiaceae |
| Finegoldia magna | FINM2 | Clostridia | Clostridiales | Peptoniphilaceae |
Таким образом, я получила следующее филогенетическое дерево с указанием таксона, к которому принадлежит ветви и листья.
С помощью выравнивания последовательностей белков выбранных мной бактерий было постоено их филогенетическое дерево.
С помощью программы retree дерево было укоренено в среднюю точку.
