Stride
Для работы была выбрана структура 1b56 из предыдущего практикума, так как он маленький, всего одна цепь длиной в 135 аминокислот, но содержит все необходимые элементы для выполнения практикума.
С помощью веб-сервиса Strideбыла предсказана его вторичная структура.
Выдача программы: текстовый файл, веб-страница. Мне очень понравилось, что выдача визуализируется и в нее можно потыкать.
Таблица 1. Результаты определения границ элементов вторичной структуры программой Stride
| Тип вторичной структуры | PDB | Выдача Stride |
|---|---|---|
| Спираль | 19-26 | 19-26 |
| Спираль | 30-38 | 30-38 |
| Тяж | 9-15 | 9-17 |
| Тяж | 42-48 | 42-48 |
Как видно из таблицы 1, Stride определил границы альфа-спиралей так же, как записано в PDB-файле, а вот в одном из двух бета-тяжей допустил ошибку в 2 остатка, что является очень неплохим результатом.
Построение карты ?-листа
С помощью программы SheeP была построена карта единственного бета-листа в структуре 1B56 (в качестве beta-sheets detector выбрано Original STRIDE).
Рис.1. sht_0 (единственный). Количество строк на карте равняется числу тяжей в ?-листе, их 7. Один столбец карты соответствует одному гребню ?-листа.
Рис.2. Изображение листа в структуре белка
Рис.3. Соответствие одного столбца на карте и хребта в бета-листе. Хребет показан синим.
С помощью ранее использованной программы Stride (выходной файл) так же можно получить список водородных связей. Аннотация водородных связей с помощью консольного STRIDE совпала с аннотацией встроенными инструментами PyMol. Изображение трех тяжей рассматриваемого листа (т.к. весь лист всего один на белок и он слишком большой, смотреть на него всего невозможно) с нанесенными водородными связями приведено на рис. 4. Нерегулярностей (то есть несоответствия между PBD и Stride) в трех тяжах этого бета-листа нет.
Рис.4. Водородные связи в остатках 100-130. Подсвечены зеленым