Найдем гидрофобные кластеры в структуре соматической кроличьей ГАФД ( PDB-код - 1J0X ). Для этого будем использовать Clud.
Parameters: Atom list: strict Model number (for NMR): 1 All chains selected Distance threshold: 4.5 A (при большем расстоянии туда сможет поместиться молекула воды) Cluster size threshold: 100;
Output files:
4jbi_clusters.rsc 4jbi_clusters.txt
При запуске алгоритма с такими параметрами всего нашлось 352 кластера (неудивительно, ведь это огромный мультидоменный белок), а больше заданного размера - 29.
Среди таких больших гидрофобных поверхностей я ожидала увидеть гидрофобные ядра и гидрофобные контакты между цепями. Так и получилось. На рис. 1 и 2 изображены гидрофобные контакты между субъединицами (кластеры 15 и 35). На рис. 3 изображено гидрофобное ядро (147).
Рис. 1 Кластер 15
Рис. 2 Кластер 35
Рис. 3 Кластер 147