Выравнивание последовательностей белка. Pr9

Таблица 1. Глобальное парное выравнивание гомологичных белков.

Protein name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
Chorismate synthase	AROC_ECOLI	AROC_BACSU	509.5	35.1	51.1	59	16
Isocitrate dehydrogenase [NADP]	IDH_ECOLI	IDH_BACSU	1451.5	65.6	77.1	27	6
NH(3)-dependent NAD(+) synthenase	NADE_ECOLI	NADE_BACSU	734.5	54.0	69.9	5	4

Таблица 2. Локальное парное выравнивание гомологичных белков

Protein name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
Chorismate synthase	AROC_ECOLI	AROC_BACSU	509.5	35.1	51.1	59	16	96.1%	94.1%
Isocitrate dehydrogenase [NADP]	IDH_ECOLI	IDH_BACSU	1451.5	65.6	77.1	27	6	100%	99.8%
NH(3)-dependent NAD(+) synthenase	NADE_ECOLI	NADE_BACSU	734.5	54.0	69.9	5	4	99.6%	100%

Таблица 3.1. Применение глобального выравнивания к неродственным белкам

ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
AROC_ECOLI	NADE_ECOLI	30.5	4.5	6.9	466	9

Таблица 3.2. Применение локального выравнивания к неродственным белкам

ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
AROC_ECOLI	NADE_ECOLI	46.0	22.1	40.5	32	8	99.5	79.6

Комментарий

При сравнении данных неродственных белков выявлено, что они негомологичны. Естественно вес выравнивания негомологичных белков сильно ниже, чем у гомологичных. Число гэпов в негомологичных белках выше, а процент схожих при выравнивании - ниже.

Выравнивание в Jalview AROC_BACSU и AROC_ECOLI

AROC в Jalview

Множественное выравнивание белков

Множественное выравнивание AROC в Jalview

При множественном выравнивании белков AROC_BACSU, AROC_METRJ, AROC_SHEAN, AROC_ECOLI, AROC_SHISS было обнаружено, что они достаточно хорошо выравнены, что имеется несколько консервативных участков максимальной длиной 7 букв (количество полностью консерватиных колонок равно 32). Самым отличающимся из всех является AROC_BACSU из за его длины. Практически полностью идентичны белки AROC_SHEAM, AROC_ECOLI, AROC_SHISS. На основе вышесказанного я предпологаю, что данные белки гомологичны.