Отличия в множественных выравниваниях. Pr12

В данной работе были исследованы на различия множественные выравнивания последовательностей AROC_BACSU, AROC_ECOLI, AROC_MYCTU. Далее приведен сам файл сравнения формата JalView, а также скриншоты и описания отличий отдельно:

JalView file

На продемонстрированых скриншотах первое выравнивание сделано с помощью программы T-coffee, второе - Muscle, третье - Mafft.

Отличие 1.

1dif

Первое отличие состоит в том, что при выравнивании с помощью программ T-coffee и Muscle (т.е первых двух троек) в красной области в первой колонке T-coffee гомологичны аминокислотные остатки D и T (AROC_ECOLI И AROC_BACSU), и имеют координаты ASP(94) и THR(85). Похожий участок имеется и во второй тройке чуть дальше, однако координаты Т отличаются: ASP(94) и THR(94).

Отличие 2.

2dif

Второе отличие также находится между первыми двумя тройками. Лейцин в четвертой колонке T-coffee AROC_ECOLI гомологичен пролину AROC_MYCTU с координатами LEU(165) и PRO(175). Чуть дальше в выравнивании программы Muscle координаты гомологичной пары отличаются: LEU(165) и PRO(181).

Отличие 3.

3dif

Третье отличие можно найти в разнице выравниваний программами T-coffee и Mafft (т.е первая и третья тройка). Столбец гомологичных аланинов первой троки имеет координаты ALA(328), ALA(348), ALA(350), однако аланины, выровненные программой Mafft того же столбца имеют координаты ALA(328), ALA(344) и ALA(346).

Наиболее правдоподобным выравниванием мне показалось выравнивание с помощью программы Muscle, т.к в JalView можно заметить большее количество идентичных участков и меньшее количество гэпов, в сравнии с другими примерами выравниваний. Следовательно его выравнивание является наиболее оптимальным.