BLAST. Pr11
Поиск гомологов белка AMA61679.1 и характеристики их выравниваний.
При поиске гомологов в банке Swiss-Prot с помощью программы BLAST с параметрами по умолчанию было обнаружено 13 находок. Каждая из них имеет E-value менее 0.001.
Максимальное E-value находки, выданное программой составляет 1×10-4. Список находок оказался лимитирован порогом на E-value.
При изменении длины слова в параметрах алгоритма с 6 на 2 последовали некоторые изменения результатов поиска: общее число находок составило 38. Количество находок с E-value менее 0.001 составило 24. Максимальное E-value находки - 9.8.
При изменении объёма поиска - ограничении таксоном Alphaproteobacteria - E-value выбранной находки (Q6NCZ6) составил 8×10-47 при том, что при предыдущем поиске - 1×10-43.
Примечание. В результате ограничения поиска по таксону (и т.о. уменьшения банка) значение E-value уменьшилось,что подтверждает теоретическую информацию. При этом вес выравнивания (и обычный и в битах) не изменяется.
© Бруман Софья, 2018