Uniprot - Proteomes

Были рассмотрены протеомы двух организмов: Escherichia coli strain K12 и Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145). В Таблице 1 приведены данные, дающие основную информацию об этих протеомах.

Таблица 1. Основные данные

Организм	Uniprot ID	Число последовательностей	Число остатков
Escherichia coli K12	UP000000625	4313	1351619
Streptomyces coelicolor A3(2)	UP000001973	8038	2629324

Расчет частот.

Расчет частоты встречаемости аминокислотных остатков производился с помощью программы PuTTY и комманды wordcount пакета EMBOSS. Далее была проведена некоторая статистическая обработка данных. Ее результаты представлены в Таблице 2 и в файле excel.

Таблица 2. Статистические данные

	%, E.coli	%, S.coelicolor	Δ
L	10,6758	10,2191	0,4567
A	9,5116	13,7417	-4,2301
G	7,3705	9,6221	-2,2516
V	7,0731	8,5370	-1,4639
I	6,0098	2,8677	3,1421
S	5,7968	4,98497	0,81183
E	5,76597	5,6960	0,0699
R	5,5186	8,3617	-2,8431
T	5,3941	6,1775	-0,7834
D	5,1492	6,1439	-0,9947
Q	4,4434	2,6503	1,7931
P	4,4283	6,2035	-1,7752
K	4,4058	2,0551	2,3507
N	3,9369	1,6991	2,2378
F	3,8927	2,6425	1,2502
Y	2,8447	2,0544	0,7903
M	2,8225	1,6982	1,1243
H	2,2677	2,3462	-0,0785
W	1,5319	1,5206	0,0113
C	1,1609	0,7786	0,3823

Комментарий к таблице Excel, составленной в результате изучения протеомов организмов E.coli K12 и S.coelicolor А3(2):

Была проанализирована частота встречаемости некоторых аминокислот обоих организмов:
Для организма E.coli K12 самыми частыми оказались:

L – 10.676 %
A – 9.512 %
G – 7.371 %

Для организма S.coelicolor А3(2) самыми частыми оказались:

A – 13.742 %
L – 10.219 %
G – 9.622 %

Для организма E.coli K12 самыми редкими оказались:

C – 1.161 %
W – 1.532 %
H – 2.268 %

Для организма S.coelicolor А3(2) самыми редкими оказались:

C – 0.779 %
W – 1.521 %
M – 1.698 %

Было проведено сравнение процентных соотношений АК у двух организмов. Установлено, что cамая большая разница в пользу E.coli K12 - у АК изолейцин – 3.142 %, а самая большая разница в пользу S.coelicolor А3(2) - у АК аланин – 4.23 %.