Визуализация белка аспартил/аспаргинил бета-гидроксилазы (AspH) оксигеназы и TPR доменов в комплексе с марганцем,
N-оксалилглицином и фрагментом субстратного пептида фактора Х в JMol

В J(S)Mol апплете изображена структура белка аспартил/аспаргинил бета-гидроксилазы (AspH) оксигеназы и TPR доменов в комплексе с марганцем, N-оксалилглицином и фрагментом субстратного пептида фактора Х (PDB ID:5JQY)

Ссылка на скрипт
Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре
#Имена атомовДлина связи (A)Угол N-O-C (°)
Альфа-спираль
1N(755LEU) – O(751GLN)3.03153.5
2N(754SER) – O(750GLN)2.97155.4
3N(753ARG) – O(749PRO)3.11140.9
4N(752ARG) – O(148THR)2.97164.0
5N(581THR) – O(577THR)3.20160.3
Бета-тяжи
1N(687LEU) – O(742VAL)2.83163.8
2N(742VAL) – O(687LEU)2.91160.1
3N(689MET) – O(740VAL)2.86137.7
4N(740VAL) – O(689MET)2.88145.7
5N(691LEU) – O(738PHE)2.79154.1
Таблица 1. Параметры водородных связей в α-спиралях и β-тяжах.

В таблице 1 приведены данные, полученные с помощью программы Jmol: атомы остатков, образующие водородную связь, длина водородной связи и величина угла N-O-C (атомов, окружающих и образующих водороную связь). Средняя длина водородной связи в рассмотренной альфа-спирали – 3,056 Å, средний угол – 154,82° в бета-тяжах – 2,854 Å и 152,28°. Эти значения отличаются, но не слишком сильно, впрочем делать какие-либо выводы об общих закономерностях сложно, т. к. были рассмотрена только две альфа-спирали, и только один бета-тяж. Только три из рассмотренных связей превышают длину в 3 Å. Наибольшую прочность водородная связь имеет при значении угла N-O-C 180°, однако это значение не достигается ни в одной из рассмотренных водородных связей (максимальный угол - 163,8°). Скорее всего, образованию угла в 180° мешает общая конформация вторичной структуры и взаимодействие с соседними остатками.

Источники:
1. https://chemapps.stolaf.edu/jmol/docs/ Jmol/JSmol interactive scripting documentation.
2. https://www.rcsb.org/structure/5jqy PDB: Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH)oxygenase and TPR domains in complex with manganese, N-oxalylglycine and factor X substrate peptide fragment(39mer-4Ser).
3. Основы биохимии Ленинджера. Дэвид Нельсон, Майкл Кокс
4. Структура и функции белков. В.М. Степанов

Сайт находится на этапе разработки.

© Бруман Софья, 2017