PDBID: 5REB
На данной картинке я хотела показать взаимодействие лиганда T0Y-404 с двумя аминокислотными остатками протеазы.
Первое предполагаемое взаимодействие - это пи-стэкинг между имидазольным кольцом гистидина HIS-41 и тиофеновым кольцом
TOY-404. Второе предполагаемое взаимодействие - это водородная связь между атомом кислорода T0Y-404 и остовным атомом
кислорода CYS-44.
Рисунок 1.1. Отрендеренная картинка протеазы SARS-CoV-2 с лигандом T0Y-404. Ссылка на сессию в PyMOL .
PDBID: 6YK4 и 6FQI
Первое, что можно заметить, посмотрев на обе структуры - это отсутсвие молекул воды в структуре 6FQI, что уже говорит о том, что
разрешение данной структуры меньше, чем разрешение структуры 6YK4 и не дает возможности корректно интерпретировать и различать атомы.
Если убрать лишние ионы, лиганды и прочее и внимательно рассмотреть одинаковый фрагмент (в данном случае
с 53 по 66 остаток) в разных структурах, то можно
заметить, что электронная плотность в структуре 6YK4 очень четко распределена 'шариками' по атомам, что
дает возможность легко интерпретировать результаты РСА. Если затем посмотреть на структуру 6FQI, увидим, что
бесформенная электронная плотность как шланг покрывает остатки, более того, где-то прерываясь, и уж точно не
давая различать отдельные атомы. Таким образом, мы смело можем сделать вывод, что разрешение первой структуры сильно выше.
Если мы обратимся к PDB и возьмем значения разрешений оттуда, то получим 1.00 Å для 6YK4 и 2.91 Å для 6FQI, что согласуется с тем,
что я получила.
Рисунок 2.1. Отрендеренная картинка фрагмента 6YK4. Carve = 1.5. Уровень подрезки = 1.
Рисунок 2.2. Отрендеренная картинка фрагмента 6FQI. Carve = 1.5. Уровень подрезки = 1.
PDBID: 5REB
В данном задании я решила покрасить остов по b-фактору (самые подвижные элементы - розовые,
наименее подвижные - голубые) потому что, как мне показалось, качество электронной плотности конкретных элементов
должно, логично, падать из-за их высокой подвижности.
Как можно заметить, при увеличении уровня подрезки, сетка электронной плотности
начинает пропадать на подвижных регионах, так как при РСА подвижных элементов, плотность размазывается по тому
объему, в котором двигался элемент и, соответственно, 'шары' электронной плотности не такие четкие, как в
других регионах.
Рисунок 3.1. Отрендеренная картинка остова протеазы SARS-CoV-2, покрашенного по b-фактору. Уровень подрезки = 1.
Рисунок 3.2. Отрендеренная картинка остова протеазы SARS-CoV-2, покрашенного по b-фактору. Уровень подрезки = 2.
Рисунок 3.3. Отрендеренная картинка остова протеазы SARS-CoV-2, покрашенного по b-фактору. Уровень подрезки = 3.
PDBID: 5REB
В данном задании я смотрела электронную плотность на разных уровнях подрезки для лигнада T0Y-404.
Сразу можно заметить, что даже при первом уровне подрезки не все атомы покрыты электронной плотностью и, как мы можем
вспомнить из предыдущего задания, это может быть связано с подвижностью атомов. И
чем больше уровень подрезки, тем меньше становится плотность. Конечно, наибольшее покрытие имеют атомы с
наибольшим количеством электронов (кислород, и, особенно, сера), и, конечно, с увеличением покрытия, электронная
плотность остается только на них. Однако к уровню покрытия = 2, уже не видно ни электронной плотности на кислороде,
ни даже на сере, что также может быть обусловлено подвижностью данных атомов в пространстве при РСА.
Рисунок 4.1. Отрендеренная картинка остова протеазы SARS-CoV-2. Уровень подрезки = 1.
Рисунок 4.2. Отрендеренная картинка остова протеазы SARS-CoV-2. Уровень подрезки = 1.5.
Рисунок 4.3. Отрендеренная картинка остова протеазы SARS-CoV-2. Уровень подрезки = 2.
Сайт находится на этапе разработки.
© Бруман Софья, 2020