Построение и анализ дерева, содержащего паралоги

Упражнение 4.

C помощью локального BLAST (blastp) была получена группа белков, гомологичных CLPX_ECOLI (ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX).
В результате чего был получен общий файл с последовательностями и файл с выравниванием (построено с помощью MUSCLE). Полученный файл был загружен в программу MEGA, где производилось построение дерева с помощью алгоритма Maximum Likelihood (ML).

Оттенками синего и фиолетового отмечены ортологи - CLPX и HSLU (ATP-dependent protease ATPase subunit HslU;
субъединица входящая в состав той же АТФ-зависимой протеазы).
Зеленым отмечены паралоги SERP5, салатовым - паралоги PSEMY.