Поиск информации в Uniprot о белке Anti-sigma factor RsrA бактерии Streptomyces coelicolor
(strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) в Uniprot

Таблица 1. Общая информациия о белке (Anti-sigma factor RsrA)

Uniprot IDUniprot ACRefseq IDPDB IDДлина (амин.ост.)Молекулярная масса (Да)Рекомендуемое Uniprot название
RSRA_STRCOQ7AKG8NP_629364.1;
WP_003973755.1		5FRF;
5FRH		10511681Anti-sigma factor RsrA

Комментарии к таблице 1:

Согласно данным, полученным с сайта Uniprot, исследованный белок носит название Антисигма-фактор RsrA (Anti-sigma factor RsrA). Он характерен для организма Streptomyces coelicolor (штамм ATCC BAA-471 / A3(2) / M145). Исходя из информации Uniprot, PE (степень достоверности) 1 означает, что выявлены эксперементальные доказательства существования белка. Белок был занесён в базы данных UniProtKB/Swiss-Prot 16 октября 2013 года. Длина белка составляет 105 аминокислотных остатка, молекулярная масса составляет 11681 Да. Белок выполняет функцию редокс-регулируемого антисигма-фактора для сигма-фактора с экстрацитоплазматической функцией (ECF) SigR и функцию ключевого датчика дисульфидного стресса; удерживает SigR (его родственный сигма-фактор ECF в неактивной форме), ингибируя его сигма-активность при восстановлении, но не в условиях окисления. Окисление и восстановление антисигма-фактора обратимы. Mycothiol (MSH) ответственен за восстановление RsrA, что позволяет ему связываться с SigR. В сочетании со своим родственным сигма-фактором SigR может распознавать восстановленный MSH на внутриклеточном уровне; вероятно, высвобождает SigR во время окислительного стресса.
На одну субъединицу приходится (синтезируется) один ион Zn2+. Катион цинка не требуется для связывания SigR, но он необходим для активности антисигма-фактора. Цинк делает RsrA относительно устойчивым к окислению.
Структура белка известна полностью. Белок содержит одну цепь. [1]

Таблица 2. Информация о кластерах

UnirefCluster IDCluster nameSize
Uniref100UniRef100_Q7AKG8Anti-sigma factor RsrA 3
Uniref90UniRef90_Q7AKG8Anti-sigma factor RsrA 12
Uniref50UniRef50_Q7AKG8Anti-sigma factor RsrA 68

Результаты сеансов поиска в Uniprot

Поиск по белку Anti-sigma factor RsrA

1) Среди всех организмов
Текст запроса: name:"anti sigma factor rsra"
Сколько белков: 42
Сколько из раздела Reviewed: 1
Ссылка

2) В исходном организме
Текст запроса: name:"anti sigma factor rsra" AND organism:"Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) [100226]"
Сколько белков: 1
Сколько из раздела Reviewed: 1
Ссылка

3) Среди семейства организма (Streptomycetaceae)
Текст запроса: name:"anti sigma factor rsra" taxonomy:streptomycetaceae
Сколько белков: 14
Сколько из раздела Reviewed: 1
Ссылка

4) Среди отдела организма (Actinobacteria)
Текст запроса: name:"anti sigma factor rsra" taxonomy:actinobacteria
Сколько белков: 34
Сколько из раздела Reviewed: 1
Ссылка

Поиск по гистонам

1) Среди всех организмов
Текст запроса: name:histone
Сколько белков: 131541
Сколько из раздела Reviewed: 2083
Ссылка

2) Среди Metazoa
Текст запроса: name:histone taxonomy:"Metazoa [33208]"
Сколько белков: 63788
Сколько из раздела Reviewed: 1040
Ссылка

3) Среди бурых водорослей
Текст запроса: name:histone taxonomy:phaeophyceae
Сколько белков: 46
Сколько из раздела Reviewed: 0
Ссылка

Поиск по трипсину

1) По слову трипсин
Текст запроса: name:trypsin
Сколько белков: 18951
Сколько из раздела Reviewed: 311
Ссылка

2) Ингибиторы
Текст запроса: name:trypsin name:inhibitor
Сколько белков: 3914
Сколько из раздела Reviewed: 210
Ссылка

История изменений записи Uniprot

Uniprot дает возможность просматривать статистику изменений записей о белке. Во вкладке History имеются все версии записей. Также возможно сравнивать разные версии записей. На момент изучения на Uniprot последней версией является версия под номером 37. По сравнению с первой версией произошло большое количество изменений.

К примеру, были изменены строки ID (Q7AKG8_STRCO “Unreviewed” -> RSRA_STRCO “Reviewed”) и AC (Q7AKG8 -> Q7AKG8; Q9RL96).
Также изменениям подверглись строки DT. Изначально файл содержал только одну строку:
SubName: Full=Anti-sigma factor;
В актуальной же версии строка заменена на три строки:
RecName: Full=Anti-sigma factor RsrA;
AltName: Full=Regulator of SigR;
AltName: Full=Sigma-R anti-sigma factor RsrA.

Были подкорректированы строки OC (современное положение организма): Bacteria; Actinobacteria; Actinobacteridae; Actinomycetales; Streptomycineae; Streptomycetaceae; Streptomyces.
Было заменено на: Bacteria; Actinobacteria; Streptomycetales; Streptomycetaceae; Streptomyces; Streptomyces albidoflavus group.

Также был добавлен большой комментарий с подробным описанием белка и добавлены цитирования с 3 по 8.
Было дописано обширное описание локальных особенностей последовательностей. (FT)

FT

Записи характеристик участков последовательности в формате Uniprot:

Все записи характеристик участков последовательности в файле Uniprot описываются в строке FT (feature table). Ниже взят один из примеров:

Сравнение данных в базах Uniprot и RefSeq

Были сопоставлены записи о белке в RefSeq Protein [2] и Uniprot. Кардинальных различий обнаружено не было, однако стоит отметить, что в RefSeq более просто ориентироваться. Также дата обновления данных в RefSeq страрше на почти год. Из-за этого в RefSeq отмечено всего лишь 5 цитирований, тогда как в Uniprot - 8. В обеих версиях можно просмотреть последовательность белка в FASTA-формате и полное современное систематическое положение организма, содержащего белок. Недостатком RefSeq является отсутствие идентификаторов других баз данных, что ограничивает возможность получения дополнительной информации о белке.

Ссылки на источники:

© Бруман Софья, 2018