Описание Фосфатазы фосфосерина из генома бактерии Hydrogenobacter thermophilus TK-6
Hydrogenobacter thermophilus - вид грамотрицательных неподвижных бактерий. Бактерия является экстремальным термофилом, оптимум температур: 70-75*С. Штамм был выделен из почвы рядом с горячими источниками на Izu penninsula, Japan. Hydrogenobacter thermophilus - облигатный хемолитоавтотроф. Источником углерода им служит углекислый газ из воздуха, а энергию берут проводя реакцию окисления водорода (или тиосульфата) кислородом.
Основная информация о белке
У этого штамма необычная Фосфатаза фосфосерина - она не нуждается в присутствии ионов Mg в среде. Возможно, это адаптация к обитанию в бедных почвах. В рамках проекта GEBA был секвенирован геном этой бактерии, а заодно и определены аминокислотные последовательности большинства белков. Информация о фосфатазе приведена в Таблице 1.>
Идентификатор белка | ADO44514.1 |
---|---|
Идентификатор генома | CP002221.1 |
Название белка | Phosphoserine phosphatase 1 |
Координаты гена в геноме | 109272..109907 |
Длина гена (п.н.) | 636 |
Цепь | обратная |
Длина белка (а.о.) | 211 |
Белок был получен методом концептуальной трансляции.
То есть белок никогда напрямую не синтезировался, а восстанавливался по таблице генетического кода
из известной последовательности мРНК.
Аминокислотная последовательность белка в fasta-формате
Фосфосерин фосфатаза относится к классу гидролаз и катализирует реакцию
гидролиза остатка фосфорной кислоты от 3-фосфосерина
Эта реакция является промежуточной в пути биосинтеза серина и глицина из 3-фосфоглицерата .
Данный путь синтеза общий для большинства организмов и играет важную роль в биосинтезе аминокистлот серина, глицина и цистеина.
3-фосфоглицерат - один из метаболитов гликолиза (анаэробного окисления глюкозы).
Геномное окружение белка
Геном бактерии был секвернирован на платформах Illumina и 454.
Применяемый метод секвернирования
![gene surrounding image](pictures/protein_phosphatase1.png)
Можно обратить внимание на отсутствие интронов у организма, что является отличительной чертой бактерий.
Литература
- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3111988
- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/ADO44514.1/
- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/CP002221.1
- https://en.wikipedia.org/wiki/Hydrogenobacter_thermophilus
- https://en.wikipedia.org/wiki/Phosphoserine_phosphatase
- Основы биохимии Ленинджера: в 3т. Т.2: Биоэнергетика и метаболизм / Д. Нельсон, М. Кокс
- https://www.illumina.com/science/sequencing-method-explorer.html