Практикум 13: Множественное выравнивание

Конспект - Приведение выравнивания в порядок

Я решила посмотреть на выравнивание с семейством Pfam. Мой белок - ADO44514.1

На сайте Pfam: search - sequence - sequence: вставить в fasta формате последовательность своего белка - Submit
В колонке Family - нажать на ссылку - Family: His_Phos_1 (PF00300) - скопировать идентификатор в скобках
Jalview: File - Fetch sequences - PFAM (Seed) - вставить в окошко "PF00300"
У меня выдалось около 300 последовательностей - я сделала как в подсказках чтобы посмотреть на самые различные последовательности: Edit - Remove redundancy. Причем я все уменьшала порог пока не осталось удобоваримое количество последовательностей - 24 штуки. И порог получился 55. (посмотрим, что выйдет)))
Потом вставить свою последовательность: File - add sequences - from text box. А еще последовательности можно двигать стрелочками, зажав Shift!
Потом я снова выровняла Muscle with default settings - и теперь моя последовательность в выравнивании
Дальше я поудаляла последовательности с длинными вставками, убрала empty columns
Разметила кажущиеся схожими участки
А потом еще залезла сюда тк стало интересно:https://www.uniprot.org/uniprot/D3DFG8.txt (https://www.uniprot.org/uniprot/D3DFG8)

Найденные блоки

У меня в итоге 20 последовательностей, причем порог сходства для 19 из них был 55) Выравнивание на самом деле вышло плотное - то есть гэпов очень мало! абсолютно консервативных последовательностей было не очень много. Со 100% сходством - три, с 90% - 12. И собственно все попали в выделенные мной блоки (см картинку).
Белки считаю гомолгичными - несколько достаточно крупных и близко расположеных блоков.

A

Все кучкуется вокруг Ргистидина. Оказалось, что в записи Uniprot 9ая позиция это активный сайт. Гистидин вообще часто взаимодействует с металлами, так что возможно это сайт связывания с каким нибудь метталом-лигандом, или регуляторный участок. Интересно, что он расположен так близко к началу

B

Куча консервативных алифатических аминокислот. Возможно этот участок важен скорее для третичной структуры. В принципе довольно много P, D/E, R/K - можно предположить что на этом участке формируются солевые мостики. Ну и пролин специфичной структурой обладает. Возможно это важный участок для формирования активного центра.

C

58 позиция по Uniprot аннотирована как некий site. Необычные аминокислоты - T S R. Ав ообще катализируемая реакция: Reaction=H2O + O-phospho-L-serine = L-serine + phosphate. Внимание, серин! Интересно какой механизм - у меня предположений особо не возникает... только что R - щелочной, фосфат - кислый.

D

Лизин, Глутаминовая кислота, Триптофан. Возможно снова солевой мостик. Возможно триптофан чтото важное делает, а белок вокруг нето должен определенным образом сложиться.

E

Щелочной аргинин и глутаминовая кислота. Здесь либо снова важный для структуры мостик, а возможно каталитическая активность.

F

150ая позиция по аннотирована как active site (171 позиция выравнивания) - гистидин.