Пракутикум 1: MarvinSketch

Тренировка использовать инструмент для рисования молекул. А заодно - повторение формул нуклеотидов и связей в нуклеиновых кислотах.

Задание 2

Ссылка на двустраничный файл формата mrv

2'-дезоксигуанозиндифосфат

image

2'-дезокситимидинмонофосфат

image

уридин и псевдоуридин

image

Упражнение 2: Фрагмент двуцепочечной ДНК

image

Задание 3. Гуанин

GC - Каноническое взаимодействие

image
Тут все 3 водородные связи реализуются, и раз взамодействие каноническое, то по эволюционной логике, оно и является наиболее устойчивым

GU (GT не должно сильно отличаться)

image
Реализуются 2 водородные связи. Однако, возможны в принципе два способа прозваимодействовать, и стоит обратить внимание, что в обоих случаях уридин (или гуанин) смещен (в смысле оба немного сместятся) относительно сахарного остова (в отличие от случаев канонических взаимодествий). Таким образом, я предпологаю, что это взаимодействие хоть и будет реализовываться, но из-за смещения будет не очень устойчивым

image
Реализуются 2 водородные связи, и не происходит смещения, как в предыдущем случае. Я бы предположила, что такая связь будет второй по устойчивости после канонической, и таким образом наиболее часто происходить. Отсюда можно предположить, что тогда и мутационные замены С на А будут более частыми.

GG

image
Как я ни крутила, у меня не вышло придумать более 1 водородной связи, поэтому сомневаюсь, что взаимодействие с одной водородной связью будет устойчивым (я думаю устойчивость вообще резко упадет, тк относительно одной связи основания будут легко прокручиваться, в отличие от 2х и 3х). Однако есть G-квадруплекс, который мне правда лень рисовать, но это немного о другом. В итоге предположение таково, что мутационные замены на G напрротив G будут наиболее редкими.