Экспериментальная структура
Для А-формы (3v9d; 5 основание на B-цепочке; гуанин)
В сторону большой бороздки обращены атомы: 6:B.O6, 6:B.C6, 6:B.C5, 6:B.N7, 6:B.C8
В сторону малой бороздки обращены атомы: 6:B.N9, 6:B.C4, 6:B.N3, 6:B.C2, 6:B.N2
Основные характеристики трех спиралей
Сгенерированные программой fiber структуры:
А-спираль
B-спираль
Z-спираль
Таблица 1.
Характеристики
| А-форма |
B-форма |
Z-форма |
| правая |
правая |
левая |
| 28.03 |
33.75 |
43.50 |
| 11 |
10 |
12 |
0.798
[12:A.P] - [23:B.P] |
1.721
[3:A.P] - [35:B.P] |
1.830
[12:A.P] - [26:B.P] |
1.681
[9:A.P] - [34:B.P] |
1.169
[12:A.P] - [33:B.P] |
0.72
[17:A.P] - [27:B.P] |
Задание 3
Упражнение 1. Торсионные углы
Значения для углов взяты из файлов *.out, сгенерированных программой analyze.
Для тРНК (pdb id = 1eiy) все значения при помощи Exel были взяты медианы значений. Для
остальных структур (сгенерированных в задании 1 программой fiber: "gatc-a.pdb","gatc-b.pdb","gatc-z.pdb" ) усреднения не
делалось, тк значения в файлах *.out значения практически не отклонялись от среднего.
Таблица 2.
Торсионные углы
| alpha |
beta |
gamma |
delta |
epsilon |
zeta |
chi |
| -69.7 |
149.4 |
59.35 |
82.05 |
-139.1 |
-72.6 |
-155.15 |
| -51.7 |
174.8 |
41.7 |
79.1 |
-147.8 |
-75.1 |
-157.2 |
| -29.9 |
136.35 |
31.15 |
143.35 |
-140.8 |
-160.5 |
-98.0 |
| -139.5 |
-136.7 |
50.9 |
137.6 |
-96.5 |
81.9 |
-154.3 |
| 51.9 |
179.0 |
-173.8 |
94.9 |
-103.6 |
-64.8 |
58.7 |
Тяжи тРНК более всего похожи на А-спираль ДНК. Z-спираль, как видно, отличается периодичностью торсионных углов,
видимо, из-за GC-периодичности. Этого не наблюдается в тРНК. Средние значения торсионных углов, в свою очередь,
гораздо ближе к значениям торсионных углов для А-спирали.
Упражнение 2. Водородные связи
В файле 1eiy_old.out разделе "RMSD of the bases..."
есть информация по водородным связям между основаниями. В списке заметны 4 длинных тяжа с каноническими
взаимодействиями:
- 1-7 bp + 72-66 bp
- 10-13 bp + 25-22 bp
- 26-31 bp + 44-39 bp
- 49-53 bp + 65-61 bp
Неканонические пары оснований (строка 200: "Note: This structure contains 7[7] non-Watson-Crick base-pairs." ).
Сразу интересно, почему А--U (строчка 2,7) и G--C (строчка 3) считаются неканоническими?
Думаю, дело в том, что хотя пара и каноническая, но взаимодействие не обязательно будет таким,
которое представлено в большинстве случаев и водородные связи могут располагаться иначе!
- 44_G-**--A_26
- 14_A-**--U_8
- 15_G-**+-C_48
- 16_U-**+-U_59
- 18_G-**+-U_55
- 73_A-**+-C_74
- 45_U-**--A_9
Дополнительные связи, стабилизирующие вторичную структуру:
- 14_A-U_8
- 15_G-C_48
- 16_U-U_59
- 18_G-U_55
- 19_G-C_56
- 73_A-C_74
- 45_U-A_9
Упражнение 3. Стэкинг-взаимодействия
В файле 1eiy_old.out в разделе "Overlap area..."
были взяты три структуры с наибольшей суммой перекрывания:
№9 GC/GC sum=9.90( 5.09)
№15 GC/GC sum=11.68( 5.24)
№21 UC/GA sum=9.33( 4.43)
