11.1 GO Enrichment Analysis

1. list9.txt, 24 штуки
2. 24 out of 24 - все ID Нашлись в базе данных
3. Сколько GO terms оказалось в выдаче? Почему именно столько?
138 - именно столько назодок превысиило порог пи-вэлью P < 0.05
4. Список десяти самых значимых GO terms 
fatty acid metabolic process	315	21	.36	57.92	+	2.27E-35	3.61E-31
monocarboxylic acid metabolic process	523	21	.60	34.88	+	6.99E-31	5.56E-27
carboxylic acid metabolic process	879	21	1.01	20.76	+	3.03E-26	1.61E-22
cellular lipid metabolic process	948	21	1.09	19.25	+	1.44E-25	5.73E-22
oxoacid metabolic process	971	21	1.12	18.79	+	2.36E-25	7.52E-22
organic acid metabolic process	992	21	1.14	18.39	+	3.67E-25	9.74E-22
long-chain fatty acid metabolic process	110	13	.13	> 100	+	1.27E-23	2.89E-20
lipid metabolic process	1195	21	1.38	15.27	+	1.71E-23	3.40E-20
protein localization to peroxisome	80	12	.09	> 100	+	6.60E-23	8.08E-20
establishment of protein localization to peroxisome	80	12	.09	> 100	+	6.60E-23	8.75E-20
5. Приведите картинку графа, где отмечены 5 самых значимых GO terms image
6. Проинтерпретируйте полученные результаты. Какими отношениями соединены узлы полученного графа?
Ничего особо интересного - только соотношением "is a" - то есть соотношением вложенности множеств. Видимо, предоставленноые белки являются частью путей метаболизма оксокислот - это и 7. Что объединяет ID вашего списка? Охарактеризуйте ваш список ID, воспользовавшись любым количеством GO terms Все белки играют роль в метаболизме оксикислот. Оксикислоты играют важную роль в биохимических процессах. Оксикислоты –промежуточный продукты метаболизма жирных кислот, мевалоновая кислота (3,5-дигидрокси-З-метилпентановая) - промежуточный продукт синтеза стеринов. Оксокислоты участвуют в цикле кребса и образуются при катаболизме липидов. Среди списка GO-terms много терминов, связанных с как с ката, так и с анаболизмом липидов и жирных кислот - fatty acid oxidation, lipid metabolic process, lipid oxidation, lipid modification. Видимо, все белки как то участвуют в процессах, связанных с синтезом и использованием липидов и ЖК.

11.2 String

Часть 2 – String В отчете укажите: 1. Получившийся граф, вставьте картинку image
2. Для 23 из 24 белков указано наличие 3D-структур
3. Какими типами взаимодействий связаны узлы вашего графа? В моем графе представленны все виды взаимодействий. Кластер внизу с голубыми связями - (from curated databases) - показывает, что видимо данные белки много изучались в контексте какого то исследования Интересно, что много связей коэкспрессии (как и показанной у человека, так, правда и в других организмах), однако мало связей, показывающих близкое расположение в геноме. Пожалуй, это может быть как то связано с тем, что гены белков, связанных с липидным обменом рассредоточены по геному достаточносильно. 
 
Known Interactions
from curated databases - например ACSL3 и ACSBG1 
experimentally determined - например   ACAA1 и	 EHHADH 	
Predicted Interactions
gene neighborhood  - например   ACAA1  и  EHHADH
gene fusions    - например    ACAA1  и  EHHADH
gene co-occurrence  - например  HADHA и ECI1 	
Others
textmining     - например   HSD17B4 и ACSL3
co-expression   - например ACSL1  и   ACSL4
protein homology  - none was detected throuout my proteins
4. Обсудите консервативность ID вашего списка. Приведите картинку (cooccrurrence)
Внутри хордовых набор белков уже становится заметно консервативным. Внутри тетрапод консервативность большинства белков становится около 70%. Внутри приматов консерваивность большинства белков близиться к 100%. На основе этого, я думаю мы можем заключить, что белки достаточно важны для жизнедеятельности хордовых, поэтому отбор стабилизирует строение этого белка. image
5. Обсудите совместную экспрессию ID вашего списка, а также отличие паттернов коэкспрессии у человека и других видов. Приведите картинку (coexpression)
На самом деле, у человека коэкспрессии этого набора белков мы практически не видим. Зато в других организмах можно заметить коэкспрессию некоторых генов. Интересно выравжена коэкспрессия сразу со многими белками ген HSD17B4. Продукт этого гена катализирует реакцию формирования 3-кетоацил-коА интермедиатов, которые получчаются при расщеплении жирных кислот. image