Визуализация молекул в JMol

Ниже отображается амиломальтаза бактерии Corynebacterium glutamicum (PDB-ID:5B68).

Ссылка на скрипт:

• 5b68.spt
  

Параметры водородных связей между остовными атомами вторичной структуры
#	Наименования атомов	Длина связи (Ангстрем)	Угол N-O-C (°)
Альфа-спирали
1	N(493ILE)- O(489ALA)	2,9	150.8
2	N(492GLY)- O(487HIS)	3,7	152.8
3	N(490LEU)- O(486ASP)	2,97	157.3
4	N(498ALA)- O(494LEU)	3,01	157.4
5	N(496LEU)- O(492GLY)	2,88	149.6
6	N(495ALA)- O(491VAL)	2,91	155.7
7	N(499GLU)- O(495ALA)	2,77	154.4
8	N(500LEU)- O(496LEU)	2,98	159.6
9	N(501ALA)- O(497GLU)	3,11	148
10	N(494LEU)- O(490LEU)	3,06	148
11	N(492GLY)- O(488ASN)	3,05	125.7
12	N(491VAL)- O(487HIS)	2,78	145.7
Бета-слои
1	N(148LEU )- O(155ALA )	2,83	146.8
2	N(155ALA )- O(148LEU )	2,92	145.5
3	N(144HIS)- O(159LEU )	2,87	155.9
4	N(159LEU )- O(144HIS )	3,00	115.2
5	N(146LEU )- O(157CYS )	2,84	160.8
6	N(157CYS )- O(146LEU )	2,98	148.9
7	N(142GLY)- O(161ILE )	2,97	134.9
8	N(161ILE)- O(142GLY )	3.06	155.6
9	N(150SER )- O(153ARG )	2,81	150.5
10	N(153ARG)-O(150SER )	2,93	131.6

В данной таблице представлены данные об углах длинах водородных связей на конкретном участке альфа-спирали и бета-тяжа, полученные с помощью программы JMol.
Длины связей варьируются в пределах от 2.78 до 3.7 ангстрем у альфа-спиралей и от 2.81 до 3.06 у бета-тяжей, данные крайние значения несколько выбиваются из общего ряда, так как среднее значение длины связи равно 3.04 ангстрема и и 2.9 для альфа-спиралей и бета тяжей соответственно.
Впрочем, прдставленная выборка не репрезентативна, потому как рассмотрено было очень ограниченное количество связей. Можно лишь отметить, что усреднённые значения у альфа-спиралей отличаются от таковых у бета-тяжей на, порядка, полтора ангстрема, то есть разница сравнительно невелика.
Таким образом мы даже не можем сказать, насколько уникальны упомянутые 3.7 ангстрема в общей картине.
Что касается углов N-O-C, для альфа-спиралей характерен угол 150.4, для бета-тяжей - 144.6.
Идеальным можно было бы считать угол 180, так как он характеризует наипрочнейшую связь, но, к сожалению, к этому значению в сложно структуре белка приблизиться не так-то просто.
Выбивающиеся из общей картины значения, в данном случае, это 125.7 и 157.4, 157.3 для спирали и 115.2, 160.8 для тяжа. Так как угол - элемент пространственной структуры, то есть конформаци, судить, почему эти углы отличны, опять-таки не представляется возможным.

Вернуться назад

©Solonovich Vera,2017