4-alpha-амиломальтаза Corynebacterium glutamicum

Краткая выжимка на основе данных Uniprot о вышеозначенном белке:


Рекомендуемое Uniprot название	полное:	4-alpha-glucanotransferase
Рекомендуемое Uniprot название	краткое:	EC=2.4.1.25
Uniprot ID		Q8NNA7_CORGL
Uniprot AC		Q8NNA7; Q6M3E7
Refseq ID		NP_601497.1; WP_011015019.1
PDB ID		5B68
Длина белка		706 аминокислотных остатков
Молекулярная масса белка		78524 дальтона

Включающие данный белок кластеры Uniref

*Uniref50*
Название:	Идентификатор кластера:	Длина в аминокислотных остатках:	Количество участвующих в образовании белков:
Cluster: 4-alpha-glucanotransferase	UniRef50_A0A1B4WMZ9	706	15
*Uniref90*
Название:	Идентификатор кластера:	Длина:	Количество участвующих в образовании белков:
Cluster: 4-alpha-glucanotransferase	UniRef90_A0A1B4WMZ9	706	14
*Uniref100*
Название:	Идентификатор кластера:	Длина в аминокислотных остатках:	Количество участвующих в образовании белков:
Cluster: 4-alpha-glucanotransferase	UniRef100_A0A0R7P4S4	706	2

Результаты сеансов поиска в Uniprot

*Касательно исследумого белка*
Поиск по:	Текст запроса:	Нашлось белков:	При этом из раздела Reviewed(Swiss-Prot):
полному названию исследуемого белка	name:"4 alpha glucanotransferase"	13702	30
краткому названию исследуемого белка	name:"ec 2 4 1 25"	6995	29
полному названию среди белков Corynebacterium glutamicum	name:"4 alpha glucanotransferase" organism:"corynebacterium glutamicum"	7	0
краткому названию среди белков Corynebacterium glutamicum	name:"ec 2 4 1 25" organism:"corynebacterium glutamicum"	7	0
полному названию среди белков семейства Corynebacteriaceae	name:"4 alpha glucanotransferase" taxonomy:"Corynebacteriaceae [1653]"	110	0
краткому названию среди белков семейства Corynebacteriaceae	name:"ec 2 4 1 25" taxonomy:"Corynebacteriaceae [1653]"	74	0
полному названию среди белков отдела Actinobacteria	name:"4 alpha glucanotransferase" taxonomy:"Actinobacteria [201174]"	1526	3
краткому названию среди белков отдела Actinobacteria	name:"ec 2 4 1 25" taxonomy:"Actinobacteria [201174]"	1340	3
Сеансы, не связанные с исследуемым белком: исследование свойств базы данных и интерфейса на примере альбумина
Запрос:	Количество найденных белков:	При этом из раздела Reviewed(Swiss-Prot):
name:albumin	675	76
name:albumin taxonomy:"metazoa"	273	42
name:albumin taxonomy:"vertebrata"	267	42
name:albumin taxonomy:"arthropoda"	1	0
name:albumin taxonomy:viridiplantae	379	33
name:albumin taxonomy:"phaeophyceae"	0	0
name:albumin taxonomy:"fungi"	2	0
name:albumin taxonomy:"ciliophora"	0	0

Поиск касательно трипсина я вынесу отдельно:

Запрос: Количество найденных белков: При этом из раздела Reviewed(Swiss-Prot):

name:trypsin 14034 310

name:trypsin name:inhibitor 2984 209

Сравнение записей RefSeq и UniProt

Оба ресурса содержат информацию касательно названия белка, его длины, аминокислотной последовательности белка и таксономического положения организма, в котором данный белок представлен, графу Binding. UniProt в том числе может позволить ознакомиться с идентификаторами многих других баз данных и заменяет неактуальную информацию касательно конкретной записи, таким образом не давая плодить сущности по поводу сиквенса оной - он представлен один раз, при желании, можно ознакомиться с иными версиями. RefSeq, в свою очередь, обеспечивает сопоставление регионов представленных последовательностей со всеми зарегистрированными в базе данных белками и приводит название статей, в которых впервые использовался сиквенс. Словом, обе базы данных не идеальны, и каждая пригодна для своих нужд. В силу привычки я отдаю предпочтение UniProt, хотя допускаю, что та проигрывает сопернику в некоторых отношениях.

Изучение истории записи Q14624

Благодаря вкладке History в записи Uniprot можно изучить, как та менялась со временем. Во всплывающей ссылке пользователю выдаётся дата релиза используемых версий сиквенса и данных, представленных на странице Entry, в данном случае 5 мая 2009 и 17 февраля 2017 соотвественно. Во вкладке previous versions представлены предыдущие версии страницы, пронумированные в соответствии с их количеством (в данном случае из 156), можно проследить, в какой базе данных какая запись была представлена - на этой странице мы можем видеть как-минимум 2: уже известный нам Swiss-Prot и TrEMBL. В этих базах данных Entry_name исследуемого объекта числилось по-разному, а менялось на протяжении всего времени дважды: при переходе в другую базу данных (с Q14624 на ITH4_HUMAN), и с 42-й записи на 43-ю (с ITH4_HUMAN на ITIH4_HUMAN) в 15 февраля 2005-го. Две любые записи так же можно сопоставить между собой, чтобы можно было более детально проследить произошедшие изменения.

Представление нестандартных аминокислот

Для подобных случаев в графе FT аминокислота под своим номером остатка будет числиться: NON_STD, с обозначением в последней колонке. какая именно аминокислота имеется в виду.