Работа в EMBOSS
В ходе работы над данным практикумом к выполнению был предложен список из 20 заданий. Были выполнены следующие:
Задание 1. Несколько файлов в формате fasta собрать в единый файл.
Задание 2. Один файл в формате fasta с несколькими последовательностями разделить на отдельные fasta файлы.
Задание 3. Из файла с хромосомой в формате .gb вырезать три кодирующих последовательности по указанным координатам "от", "до", "ориентация" и сохранить в одном fasta файле
Задание 4. Транслировать кодирующие последовательности,
лежащие в одном fasta файле, в аминокислотные, используя указанную таблицу генетического кода. Результат - в одном fasta файле.
table 10 - бактериальная таблица
Задание 5. Транслировать данную нуклеотидную последовательность в шести рамках.
Задание 6. Перевести выравнивание и из fasta формате в формат .msf.
Задание 7. Выдать в выходной поток число совпадающих букв между второй последовательностью выравнивания и всеми остальными (на выходе только имя последовательности и число)
Задание 8. Перевести аннотации особенностей в записи формата .gb в табличный формат .gff.
Задание 9. Из данного файла с хромосомой в формате .gb получить fasta файл с кодирующими последовательностями;
(*) добавить в описание каждой последовательности функцию белка (из поля product)
Задание 10. Перемешать буквы в данной нуклеотидной последовательности.
Задание 13. Найдите частоты кодонов в данных кодирующих последовательностях
Задание 15. Выровняйте кодирующие последовательности соответственно выравниванию белков - их продуктов.
Задание 16. Постройте локальное множественное выравнивание трех нуклеотидных последовательностей.