ρ–фактор терминации транскрипции (Transcription Termination)

Назад
  • Краткое название — RHO_ECOLI;
  • Полное название организма — Escherichia coli, К-12;
  • Название гена — rho; Synonyms=nitA, psuA, rnsC, tsu, sbaA;
  • номер локуса в бактериальной хромосоме — b3783;
  • Последовательность в формате FASTA:
    >RHO_ECOLI
    MNLTELKNTPVSELITLGENMGLENLARMRKQDIIFAILKQHAK
    SGEDIFGDGVLEILQDGFGFLRSADSSYLAGPDDIYVSPSQIRRFNLRTGDTISGKIR
    PPKEGERYFALLKVNEVNFDKPENARNKILFENLTPLHANSRLRMERGNGSTEDLTAR
    VLDLASPIGRGQRGLIVAPPKAGKTMLLQNIAQSIAYNHPDCVLMVLLIDERPEEVTE
    MQRLVKGEVVASTFDEPASRHVQVAEMVIEKAKRLVEHKKDVIILLDSITRLARAYNT
    VVPASGKVLTGGVDANALHRPKRFFGAARNVEEGGSLTIIATALIDTGSKMDEVIYEE
    FKGTGNMELHLSRKIAEKRVFPAIDYNRSGTRKEELLTTQEELQKMWILRKIIHPMGE
    IDAMEFLINKLAMTKTNDDFFEMMKRS							
  • Мои вычисления с помощью Excel:

    аминокислотный состав белка RHO_ECOLI

    A(Аланин)7,51%
    C(Цистеин)0,24%
    D(Аспарагиновая к-та)5,57%
    E(Глутаминовая к-та)7,99%
    F(Фенилаланин)3,87%
    G(Глицин)7,02%
    H(Гистидин)1,94%
    I(Изолейцин)7,51%
    K(Лизин)6,78%
    L(Лейцин)10,65%
    M(Метионин)3,87%
    N(Аспарагин)5,08%
    P(Пролин)4,12%
    Q(Глутамин)2,66%
    R(Аргинин)6,78%
    S(Серин)5,08%
    T(Треонин)5,41%
    V(Валин)7,08%
    W(Триптофан)1,52%
    Y(Тирозин)2,86%
  • Длина последовательности — 413 a.o.
  • Молярная масса — 53625,47.
  • Средний заряд молекулы при pH=7.0 — 5.
  • Отношение содержания гидрофобных остатков A(аланин) ,C(цистеин), F(фенилаланин), I(изолейцин), L(лейцин), M(метионин), V(валин) к содержанию гидрофильных D(аспарагиновая кислота), E(глутаминовая кислота), H(гистидин), K(лизин), N(аспарагин), Q(глутамин), R(аргинин), S(серин) — 0,99. Т.е. содержание гидрофобных остатков в белке RHO_ECOLI ниже, чем в среднем в протеоме Escherichia coli (1,07). Значит этот белок будет находиться в полярной среде. Так как для удержания в мембранном гидрофобном билипидном слое белок должен обладать значительной долей именно гидрофобных остатков, то RHO_ECOLI не является мембранным.

  • © Бурлин Антон, 2004