Назад...

Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO

Общее знакомство со структурой GO
Keywords: 3D–structure, ATP–binding, Complete proteome, Direct protein sequencing, Helicase, Hydrolase, Nucleotide–binding, RNA–binding, Transcription, Transcription regulation, Transcription termination.
table1

Термин Transcription termination

Идентификатор GO GO:0006353

Количество синонимов Нет

Определение термина Процесс, которым заканчивается транскрипция; формирование фосфодиэфирных связей прекращается, комплекс РНК-ДНК диссоцииреут, а РНК-полимераза покидает ДНК

Количество родителей parf_of: 1

Количество дочерних терминов 0

Is_a: указывает на то, что термин является подклассом родительского термина; например, в нашем графе термин "клеточный процесс" входит в "биологический процесс".

Part_of: устроено сложнее; различают четыре типа, которые показаны на рисунке выше:

no necessity: не ясно, всегда ли существует обязательная связь между классом и подклассом.
necessarily is_part: подкласс всегда является частью класса, а вот класс необязательно содержит данный подкласс.
necessarily has_part: класс всегда содержит в себе подкласс, а подкласс может не всегда встречаться в этом классе.
necessarily is_part & necessarily has_part: комбинация второго и третьего типа, т.е. класс и подкласс всегда взаимосвязаны.

Создание выборок белков с определенными функциями (поиск по идентификаторам GO в БД UniProt с помощью SRS)

Протеом Arabidopsis thaliana. Результаты поиска в UniProt, 10.04.2006 г.

Количество белков Запрос

Всего 46161 "(([uniprot-Species:Arabidopsis*] & [uniprot-Species:thaliana*]) | [uniprot-Species:Arabidopsis thaliana*]) "

С идентификаторами всех 3-х онтологий GO 6111 "((([uniprot-Species:Arabidopsis*] & [uniprot-Species:thaliana*]) | [uniprot-Species:Arabidopsis thaliana*]) & (([uniprot-DBxref_:C:*] & [uniprot-DBxref_:P:*]) & [uniprot-DBxref_:F:*])) "

В том числе мембранных 1668 "((([uniprot-Species:Arabidopsis*] & [uniprot-Species:thaliana*]) | [uniprot-Species:Arabidopsis thaliana*]) & (([uniprot-DBxref_:C:membrane*] & [uniprot-DBxref_:P:*]) & [uniprot-DBxref_:F:*])) "

В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции 0

В том числе только с самыми плохими доказательствами функции 1666 "(((([uniprot-Species:Arabidopsis*] & [uniprot-Species:thaliana*]) | [uniprot-Species:Arabidopsis thaliana*]) & (([uniprot-DBxref_:C:membrane*] & [uniprot-DBxref_:P:*]) & [uniprot-DBxref_:F:*])) & ([uniprot-DBxref_:IEA.*] ! ((((((([uniprot-DBxref_:IGI.*] | [uniprot-DBxref_:IPI.*]) | [uniprot-DBxref_:ISS.*]) | [uniprot-DBxref_:IEP.*]) | [uniprot-DBxref_:NAS.*]) | [uniprot-DBxref_:IMP.*]) | [uniprot-DBxref_:TAS.*]) | [uniprot-DBxref_:IDA.*]))) "

EcoCyc
Много информации здесь о белке Rho_ecoli извлечь не удалось: ссылка

Термин	`Transcription termination`
Идентификатор GO	`GO:0006353`
Количество синонимов	`Нет`
Определение термина	`Процесс, которым заканчивается транскрипция; формирование фосфодиэфирных связей прекращается, комплекс РНК-ДНК диссоцииреут, а РНК-полимераза покидает ДНК`
Количество родителей	`parf_of: 1`
Количество дочерних терминов	`0`

	Is_a: указывает на то, что термин является подклассом родительского термина; например, в нашем графе термин "клеточный процесс" входит в "биологический процесс".

	Part_of: устроено сложнее; различают четыре типа, которые показаны на рисунке выше: no necessity: не ясно, всегда ли существует обязательная связь между классом и подклассом. necessarily is_part: подкласс всегда является частью класса, а вот класс необязательно содержит данный подкласс. necessarily has_part: класс всегда содержит в себе подкласс, а подкласс может не всегда встречаться в этом классе. necessarily is_part & necessarily has_part: комбинация второго и третьего типа, т.е. класс и подкласс всегда взаимосвязаны.

	Количество белков	Запрос
Всего	46161	"(([uniprot-Species:Arabidopsis] & [uniprot-Species:thaliana]) \| [uniprot-Species:Arabidopsis thaliana*]) "
С идентификаторами всех 3-х онтологий GO	6111	"((([uniprot-Species:Arabidopsis] & [uniprot-Species:thaliana]) \| [uniprot-Species:Arabidopsis thaliana]) & (([uniprot-DBxref_:C:] & [uniprot-DBxref_:P:]) & [uniprot-DBxref_:F:])) "
В том числе мембранных	1668	"((([uniprot-Species:Arabidopsis] & [uniprot-Species:thaliana]) \| [uniprot-Species:Arabidopsis thaliana]) & (([uniprot-DBxref_:C:membrane] & [uniprot-DBxref_:P:]) & [uniprot-DBxref_:F:])) "
В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции	0
В том числе только с самыми плохими доказательствами функции	1666	"(((([uniprot-Species:Arabidopsis] & [uniprot-Species:thaliana]) \| [uniprot-Species:Arabidopsis thaliana]) & (([uniprot-DBxref_:C:membrane] & [uniprot-DBxref_:P:]) & [uniprot-DBxref_:F:])) & ([uniprot-DBxref_:IEA.] ! ((((((([uniprot-DBxref_:IGI.] \| [uniprot-DBxref_:IPI.]) \| [uniprot-DBxref_:ISS.]) \| [uniprot-DBxref_:IEP.]) \| [uniprot-DBxref_:NAS.]) \| [uniprot-DBxref_:IMP.]) \| [uniprot-DBxref_:TAS.]) \| [uniprot-DBxref_:IDA.*]))) "