Пространственная структура белка PTP1B
Структура в целом
В рамках данного практикума объектом моего изучения стала структура белка, относящегося к классу Гидролаз. Данная макромолекула представляет собой мономер и состоит из одной полипептидной цепи (цепи-А), которая и формирует ее биологическую единицу (рисунок 1).
Рисунок 1. Пространственная структура PTP1B (N-конец — синий, C-конец — красный)
Отдельные цепи
По данным базы UniProt, единственная полипептидная цепь-А этого белка (идентификатор UniProt: P18031) принадлежит человеку (Homo sapiens) и соответствует тирозин-протеинфосфатазе нерецепторного типа 1 (Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 1).
Данный белок выполняет две основные функции:
- Регуляция реакции клетки на стресс эндоплазматического ретикулума (ЭПР), вызванный накоплением нефункциональных белков.
- Участие в различных сигнальных каскадах.
На рисунке 2 представлен исследуемый белок, окрашенный по типу вторичной структуры. Визуальный анализ позволяет предположить, что в данной макромолекуле преобладают α-спирали над β-складками.
Рисунок 2. Вторичная структура PTP1B (α-спирали — бирюзовые, β-складки — фиолетовые, петли — розовые)
В исследуемой структуре присутствуют мутации относительно референсной последовательности из базы UniProt. Данные замены были внесены искусственно (engineered):
- Замена цистеина на серин в 32-й позиции.
- Замена цистеина на валин в 92-й позиции.
Малые молекулы
В структуре белка присутствуют следующие типы малых молекул:
- N1-(4,6-dimethylpyrimidin-2-yl)benzene-1,4-diamine — GRY (рисунок 3) (см. S1).
- 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL — TRS (рисунок 4) (см. S2).
Рисунок 3. Белкое окружение GRY
Рисунок 4. Белкое окружение TRS