Особенности аминокислотного состава белка HutP_Bacsu

1. Последовательность белка HutP_Bacsu в формате FASTA

   >HutP_Bacsu
   MIHMTLHKERRIGRLSVLLLLNEAEESTQVEELERDGWKVCLGKVGSMDAHKVVAAIETASKKSGVIQSEGYR ESHALYHATMEALHGVTRGEMLLGSLLRTVGLRFAVLRGNPYESEAEGDWIAVSLYGTIGAPIKGLEHETFGVGINHI

2. Длина последовательности — 151 а.о.

   В соответствии с гистограммой, приведённой в книге HutP_Bacsu.xls лист prot_length ,
   длина белка HutP_Bacsu наиболее типична для белков Bacillus subtilis .

3. Молекулярная масса белка HutP_Bacsu — 16554 а.е.м.

   подробнее см. книгу HutP_Bacsu.xls лист aa_mass

4. Аминокислотный состав белка HutP_Bacsu

   Самые частые аминокислотные остатки — Лейцин (L), Глицин (G), Глутаминовая к-та (E) Самые редкие аминокислотные остатки — Цистеин (С), Пролин (P), Глутамин (Q)

   подробнее см. книгу HutP_Bacsu.xls лист aa_frequencies

5. Средний электрический заряд молекулы — 0e

   Пояснение: боковые группы аминокислот могут быть заряжены. Можно сложить средние заряды аминокислот, составляющих белок, и получить заряд белка.
   При pH=7 аргинин (R) и лизин (K) имеют заряд +1е;
   гистидин (H) +0,5е;
   аспарагиновая (D) и глутаминовая (E) кислоты -1е;
   остальные аминокислотные остатки при рН=7.0 практически не заряжены.
   подробнее см. книгу HutP_Bacsu.xls лист Charge

6. Сравнение со средним аминокислотным составом белков Bacillus subtilis, а также с аминокислотным составом мембранных белков этой же бактерии

   В мембранном белке больше половины (51%) всех аминокислот - гидрофобны, а в белке HutP_Bacsu их только 39%.
   И наоборот: гидрофильных аминокислот в HutP_Bacsu на 11% больше, чем в мембранном белке.
   Вывод: белок HutP_Bacsu - немембранный.
   
   подробнее см. книгу листы HutP_Bacsu.xls HPhob_comparison и HPhob_profile

7. Профиль гидрофобности HutP_Bacsu

   Чтобы посторить профиль гидрофобности, для каждого участка белка длиной 20 а.о. найдём среднюю гидрофобность,
   на основании полученных данных нарисуем следующий график.
   все вычисления и выводы представлены в книге HutP_Bacsu.xls лист HPhob_profile

8. Распределение длин белков Bacillus subtilis

   Интересно, какую длину имеют другие белки Bacillus subtilis
   Длина белка HutP_Bacsu — одна из самых распрастранённых для Bacillus subtilis.
   подробности смотри в книге HutP_Bacsu.xls лист prot_length