На страницу первого семестра

Контакты c лигандом (ион магния Mg2+)

Имя атома контакта Имя контактирующего атома белка Расстояние в Å Предположительная природа контакта
Mg 3001 His1001:B.O 2.16 Электростатическое взаимодействие?
Mg 3001 His1001:B.N 2.31 Ван-дер-Ваальсово взаимодействие?
Mg 3001 His138:B.NE2 2.32 Ван-дер-Ваальсово взаимодействие?


Контакты с Mg2+ могут быть только электростатическими или Ван-дер-Ваальсовами. Поэтому мы отбираем только атомы кислорода находящиеся не дальше 3.5A от иона магния или атомы, расположенные совсем близко.
На картинке же слева показаны все атомы, находящиеся не дальше чем 5А от иона магния.

Cкрипт, создающий похожую картинку .spt
© Медведева