На страницу первого семестра

Торсионные углы

  1. Измерение торсионных углов остатка Arg10 в белке HutP_Bacsu, цепь А

    Название
    двугранного
    угла         		Угол определяется по координатам атомов
    (обращение к атому в соответствие с синтаксисом RasMol, в скобках – название атома)         		Данный угол описывает поворот вокруг связи Результат измерения
    с помощью RasMol
    φ
    1. Glu9:A.C (карбонильный углерод 9-го остатка цепи А)
    2. Arg10:A.N (азот α-аминогруппы 10-го остатка цепи А)
    3. Arg10:A.CA (α -углерод 10-го остатка цепи А)
    4. GLN10:A.C (карбонильный углерод 10-го остатка цепи А)
    		N10 - C&alpha10 -129.66
    ψ
    1. Arg10:A.N (азот α-аминогруппы 10-го остатка цепи А)
    2. Arg10:A.CA (α -углерод 10-го остатка цепи А)
    3. Arg10:A.C (карбонильный углерод 10-го остатка цепи А)
    4. Arg11:A.N (азот α-аминогруппы 11-го остатка цепи А)
    		C&alpha10 - C10 31.50
    ω
    1. Arg10:A.CA (α -углерод 10-го остатка цепи А)
    2. Arg10:A.C (карбонильный углерод 10-го остатка цепи А)
    3. Arg11:A.N (азот α-аминогруппы 11-го остатка цепи А)
    4. Arg11:A.C (α -углерод 11-го остатка цепи А)
    		C10 - N11 179.92

  2. Графическое изображения угла φ

    Первые три остатка белка HutP_Bacsu - Met Ile His (в формате FASTA) не содержатся в pdb файле (ID: 1WMQ). Соответсвенно, нумерация остатков сдвинута на три единицы. И Arg7 в pdb файле (и на картинке, значит, тоже) соответсвует Arg10 в последовательности FASTA.

  3. Карта Рамачандрана

    Можно заметить, что преобладают области с отрицательным значением угла φ. Распределение аланина и пролина - совершенно случайное. Интересно также, что аланин обеспечивает почти все значения из положительной области φ и покрывает много "разбросанных" точек.
    Если в бета- листы входят аминокислотные остатки с большим, положительным углом ψ, то для альфа-спиралей больше характерны маленькие отрицательные ψ.
    У глицина часто встречаются значения &phi и &psi одновременно близкие к 180. Возможно, это связано с очень маленькой боковой группой глицина.
© Медведева Cоня