На страницу второго семестра

Программа Meme

  1. Результат работы программы - файл memeout.txt


  2. Найдено 3 мотива (а больше быть и не могло: -nmotifs 3) :
    Мотив № Найдено последовательностей Координаты HutP_Bacsu P-value HutP_Bacsu Длина Относительная энтропия
    1 10 85-135 1.06e-52 50 177.2 bits
    2 10 35-85 1.45e-51 50 173.6 bits
    3 10 1-29 3.95e-23 29 83.8 bits

  3. Мотивы в выравнивании


  4. Файл с выравниванием Motifs.MSF

  5. Поиск мотивов программой MAST

  6. Результат работы программы - mastout1.html
    Из трех мотивов, найденных программой MЕME, нашлись только два.
    Первый нашелся в 9 последовательностях из 17.
    Второй мотив нашелся в 17 из 17.
    Все три мотива не нашлись ни в одном белке.
    Выравнивание, взятое из Pfam не соответствует мотивам. К примеру, для моего белка (HutP_Bacsu) второй мотив начинается не с 35, а с 29.

© Медведева