На страницу второго семестра
Программа Meme
Результат работы программы -
файл memeout.txt
Найдено 3 мотива (а больше быть и не могло: -nmotifs 3) :
Мотив №
Найдено последовательностей
Координаты HutP_Bacsu
P-value HutP_Bacsu
Длина
Относительная энтропия
1
10
85-135
1.06e-52
50
177.2 bits
2
10
35-85
1.45e-51
50
173.6 bits
3
10
1-29
3.95e-23
29
83.8 bits
Мотивы в выравнивании
Файл с выравниванием
Motifs.MSF
Поиск мотивов программой MAST
Результат работы программы -
mastout1.html
Из трех мотивов, найденных программой MЕME, нашлись только два.
Первый нашелся в
9
последовательностях из 17.
Второй мотив нашелся в
17
из 17.
Все три мотива не нашлись ни в одном белке.
Выравнивание, взятое из Pfam не соответствует мотивам. К примеру, для моего белка (HutP_Bacsu) второй мотив начинается не с 35, а с 29.
© Медведева