До выравнивания видно, что белки похожие - есть большие "серые куски" (аминокислоты совпадают, но не у всех) и даже "черные колонки" (совпадают у всех), и вообще, редкие аминокислоты (например триптофан) стоят хотя бы на соседних позициях. Но точно сказать, что белки гомологичны нельзя.
После выравнивания уже более 80% аминокислот сходны по функциям - я думаю, этого достаточно для гомологичности. Кроме того, видны "особенные" куски (например сильно отрицательно заряженный кусок - пять глутаминовых килот подряд - явно не просто так, а связано с функцией белка), встречающиеся в каждом белке.