На главную

Паттерны и банк Prosite

  1. Создание паттернов аминокислотных последовательностей
  2. Характеристика паттерна Паттерн В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну? Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены?
    Фрагмент последовательности G-W-K-V-C-L-G-K-V-G-S-M-D-A-H-K-V 1 Найдена только моя последовательность
    Сильный [GQN]-[WY]-[KRQ]-[VYS]-C-[LKIQT]-G-[RK]-V-G-[SA]-M-[DENq]-[ALPS]-[HQN]-K-[VI] 20 Найдены все последовательности из моего выравнивания и близкородственные (HUTP_BAC**), которые я намеренно не включала в выравнивание.
    Слабый [WY] - [KRQ] - [VYLST] - C - X - G - [RK] 42 Нашлись все белки выравнивания, но и много других.
    Prosite находит 25 белков с функцией моего белка, тогда как PSI-Blast находит 12. Из всех находок слабого выравнивания выделяются 11 длинных (900 остатков) бактериальных белков (SECA_***** Protein translocase subunit secA).

     

  3. Все описанные в PROSITE мотивы в заданном белке HUTP_BACSU
  4. Идентификатор документа PROSITE (AC) Название мотива Краткое описание мотива Тип подписи (паттерн, профиль) Паттерн (регулярное выражение) Специфична ли подпись? Сколько мотивов нашлось в белке?
    PS00008 MYRISTYL Сайт N-миристоилирования паттерн G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P} неспецифична 5
    PS00006 CK2_PHOSPHO_SITE Сайт фосфорилирования казеинкиназы II паттерн [ST] - x(2) - [DE] неспецифична 3
    PS00005 PKC_PHOSPHO_SITE Сайт фосфорилирования протеинкиназы С паттерн [ST] - x - [RK] неспецифична 1
    PS00342 MICROBODIES_CTER Microbodies C-terminal targeting signal паттерн [STAGCN] - [RKH] - [LIVMAFY]> неспецифична 1

© Медведева